Информация

Получаване на съпоставяне на RefSeq AC към Uniprot AC

Получаване на съпоставяне на RefSeq AC към Uniprot AC


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Опитвам се да получа съпоставяне за номерата за достъп RefSeq към номерата за достъп на Uniprot.

Мога да напиша скрипт, за да направя това за списък с RefSeq AC като този:

#!/usr/bin/python """ Извлечено от: http://www.uniprot.org/help/programmatic_access#id_mapping_python_example """ import urllib import urllib2 url = 'http://www.uniprot.org/mapping /' params = { 'from':'P_REFSEQ_AC', 'to':'ACC', 'format':'tab', 'query':'NP_511114.2 NP_004295.2 NP_031465.2 XP_004934106' data.1' = urllib.urlencode(params) request = urllib2.Request(url, data) # Моля, задайте своя имейл адрес тук, за да ни помогнете да отстраним грешки в случай на проблеми. contact = "[email protected]" request.add_header('User-Agent', 'Python %s' % contact) response = urllib2.urlopen(request) page = response.read(200000) отпечатай страница

Любопитен съм дали има начин да поискам цялостното картографиране на човешки гени към протеини.

Опитах се да конфигурирам заявка от ресурсите на Uniprot, но не мога да видя как да получа RefSeq данни от този инструмент.

http://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes+AND+organism:9606#customize-columns

С удоволствие използвам ресурс, различен от Uniprot.


Имате куп възможности:

  1. Можете да използвате Biomart. Biomart е самостоятелен инструмент, но има и библиотеки pyton и R. Така че ви дава повече опции в зависимост от предпочитания от вас език за програмиране. Това е широко използван инструмент и като цяло работи добре.

    • biomart http://www.biomart.org/
    • библиотека на biomart python
    • biomart R библиотека (от bioconductor) Biomart се използва широко и има обширна документация.
  2. Използвайте библиотека на python, наречена pyEntrezID https://pypi.python.org/pypi/pyEntrezId/1.4.7 Можете да правите всякакви преобразувания на идентификатори, но никога не съм го опитвал.

  3. Можете да опитате NCBI eutils или една от крайните точки на Ensembl REST API


Магнезиев-протопорфирин IX монометилов естер [окислителна] циклаза

<p>Оценката на анотацията предоставя евристична мярка за съдържанието на анотацията на UniProtKB запис или протеом. Този резултат <strong>не може</strong> да се използва като мярка за точността на анотацията, тъй като не можем да дефинираме „правилната анотация“ за даден протеин.<p><a href='/help/annotation_score' target='_top'> Повече ▼. </a></p> - Протеин, изведен от хомологията i <p>Това показва вида на доказателствата, които подкрепят съществуването на протеина. Имайте предвид, че доказателството за „съществуване на протеин“ не дава информация за точността или коректността на показаната(ите) последователност(и).<p><a href='/help/protein_existence' target='_top'>Още. </a></p>

Изберете раздел вляво, за да видите съдържанието.


<p>Този раздел предоставя всякаква полезна информация за протеина, предимно биологични познания.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Още. </a></p> Функция i

<p>Проектът <a href="http://www.geneontology.org/">Gene Ontology (GO)</a> предоставя набор от йерархично контролиран речник, разделен на 3 категории:<p><a href='/help/ gene_ontology' target='_top'>Още. </a></p> GO - Молекулна функция i

    Източник: GO_Central <p>Изведено от биологичния аспект на предшественика</p> <p>Тип филогенетично доказателство, при което се извежда аспект на потомък чрез характеризиране на аспект на гена на предците.< /p> <p>Повече информация в <a href="http://geneontology.org/page/guide-go-evidence-codes#iba">Ръководството за доказателствен код на GO</a></p > Изведено от биологичния аспект на прародител i

      Получаване на съпоставяне на RefSeq AC към Uniprot AC - Биология

      За да се избегне дублиране на работата в UniProt, PIR-PSD версия 80.00 (31-Дек-2004) е окончателната.
      Данните от PIR-PSD бяха импортирани в UniParc и бяха създадени двупосочни кръстосани препратки между Swiss-Prot + TrEMBL и PIR-PSD, за да позволят лесно проследяване на предишни записи на PIR-PSD в UniProtKB. Всички подходящи последователности в PIR-PSD, които липсват от Swiss-Prot + TrEMBL, се включват в секцията TrEMBL на базата знания на UniProt. Освен това всички валидни препратки и експериментално проверени данни, присъстващи в PIR-PSD, но липсващи от Swiss-Prot + TrEMBL, също се прехвърлят към съответните UniProtKB записи.

      NREF е изчерпателна база данни за търсене на последователности и идентификация на протеини, съдържаща неизлишни протеинови последователности от UniProtKB, RefSeq, GenPept и PDB. Тъй като базата данни UniParc има подобно покритие на пространството на последователности, NREF последователности, които липсват в UniProtKB, но присъстват в UniParc, могат да бъдат извлечени след извършване на текстово търсене в iProClass. Това беше решено в опит да се осигури централизирана изчерпателна база данни и да се сведе до минимум дублирането на работа между UniProt и PIR.

      Доскоро базите данни TrEMBL + Swiss-Prot и базата данни за протеинови последователности PIR (PIR-PSD) съществуваха съвместно с различно покритие на протеиновата последователност и приоритети за анотиране. През 2002 г. поддържащите тези бази данни – Европейски институт по биоинформатика, Швейцарски институт по биоинформатика и протеинов информационен ресурс, съответно – обединиха усилията си като Консорциум за универсални протеинови ресурси (UniProt Consortium). Основната мисия на консорциума е да подпомага биологичните изследвания от поддържане на висококачествена база данни, която служи като стабилна, изчерпателна, напълно класифицирана, богато и точно анотирана база от знания за протеинова последователност, с обширни кръстосани препратки и интерфейси за запитване, свободно достъпни за научната общност. UniProt надгражда стабилните основи, положени от членовете на консорциума в продължение на много години.

      При включване в UniProtKB на всяка последователност се присвоява номер за достъп (AC). Номерата за достъп са стабилни от издание до издание. Ако няколко записа в UniProt Knowledgebase се обединят в един, с цел минимизиране на излишъка, номерата за достъп на всички съответни записи се запазват. Всеки запис има един основен AC и незадължителни вторични AC.
      Идентификаторът е уникален идентификатор, често съдържащ биологично значима информация. Понякога е необходимо, от съображения за последователност, да се променят идентификаторите (например, за да се гарантира, че свързаните записи имат подобни имена). Друга често срещана причина за промяна на идентификатора е, когато запис се промотира от секцията TrEMBL на UniProt (с изчислително анотирани записи) в секцията Swiss-Prot (с напълно подбрани записи). Въпреки това, номерът за достъп винаги се запазва и следователно позволява недвусмислено цитиране на записи в UniProt.

      Приветстваме и ви насърчаваме да предоставите връзки към PIR от вашата база данни или програма. Моля, вижте Използване/Връзка към PIR, за да получите подробна информация за тази процедура.

      Да, има опция за запазване "Таблица" в десния ъгъл на страницата с резултати, която ви позволява да направите това. По-късно можете да отворите файла с всяка програма за електронни таблици.

      Докладът iProClass предоставя алтернативен изглед на протеините на UniProtKB. В допълнение към информацията, представена в доклада UniProtKB, той съдържа изчерпателна информация относно класификацията на семейството на протеини (PIRSF), структурата и функцията на протеините и също така позволява картографиране на ID към множество бази данни.

      PIR наскоро обедини усилията си с Европейския институт по биоинформатика и Швейцарския институт по биоинформатика, за да създаде универсален протеинов ресурс (UniProt), централен ресурс за протеинова последователност и функция. Моля, изпратете вашите последователности директно в UniProtKB, като използвате SPIN, новият уеб-базиран инструмент за подаване на директно секвенирани протеини.

      Основното ниво на класификация на PIRSF е хомеоморфното семейство (HFam), чиито членове са както хомоложни (еволюирали от общ прародител), така и хомеоморфни (споделящи сходство на последователността в цяла дължина и обща архитектура на домейна). На по-ниско ниво са подсемействата (SubFam), които са клъстери, представляващи функционална специализация и/или вариация на архитектурата на домейна в рамките на семейството. Над хомеоморфното ниво може да има родителски суперсемейства (SuperFam), които свързват отдалечено свързани семейства и сираци протеини на базата на общи домейни. Те може да са хомеоморфни суперфамилии, но е по-вероятно да бъдат суперфамилии на домейни, ако общите домейни не се простират по цялата дължина на протеините. Тъй като протеините могат да принадлежат към повече от едно суперсемейство на домейни, структурата на PIRSF формално е мрежа.

      Възможно е след сканиране да не бъде върнато съвпадение на PIRSF, като причината е, че протеинът на заявката се анализира спрямо намален набор от PIRSF. За анализа се вземат предвид само PIRSF, които са напълно курирани и имат свързани сравнителни модели на HMM.
      От друга страна, ако протеинът на заявката е свързан с член, който е поставен ръчно от куратор, е възможно алгоритъмът да не успее да уцели съответния PIRSF.


      Фигура 2

      Фигура 2. Функционални тестове на рибосключове с помощта на масив с висока пропускателна способност. (A) Всеки клъстер в масива първоначално съдържаше един вид ssDNA от синтезиран олиго пул. dsDNA се генерира чрез удължаване на Klenow с биотинилиран праймер и РНК се транскрибира от РНК полимераза, докато не се спира при стрептавидиновата преграда. (B) Флуоресцентно белязан MS2 протеин се влива в различни концентрации, за да се даде възможност за измерване на свързването. (C) Технологията на масива позволява измерване на кривите на свързване над десетки или стотици повторени клъстери за всяко състояние на дизайн и решение. (D) Медианата на разпределението на годността Кд’ е използван за оценка на коефициента на активиране на превключването. В този пример за превключвател ON, съотношението на активиране от 11 беше измерено върху 172 независими клъстера, показващи един и същ превключвател.


      Изпратете с бърз формат

      Всички списания на ACS и партньорски списания са опростили изискванията си за форматиране в полза на опростен и стандартизиран, готов за преглед формат за първоначално подаване на ръкопис. Тази промяна позволява на авторите да се съсредоточат върху научното съдържание, необходимо за ефективен преглед, а не върху проблемите с форматирането. Това също така ще помогне да се гарантира, че рецензентите могат да се съсредоточат върху научните достойнства на подаването по време на процеса на партньорска проверка и да ускорят процеса на прехвърляне в друго списание на ACS, ако е приложимо. Прочетете повече за изискванията и ползите, които те обслужват авторите и рецензентите тук. Ръкописи, изпратени до ES&T за първоначално разглеждане трябва да се придържат към тези стандарти:

      • Предпочитаният формат за ES&T ръкописните файлове са документ на Microsoft Word с текст и всички графики, включително Таблица на съдържанието (TOC art), вградени в този един Word файл.
      • Текстът на всички видове статии трябва да бъде с двойно разстояние в една колона, като редовете са номерирани последователно в отделна колона в полето.
      • Изпратените материали трябва да бъдат пълни с ясно идентифицирани стандартни раздели, използвани за отчитане на оригинални изследвания, без анотации или акценти и да включват всички номерирани и етикетирани компоненти.
      • Фигури, диаграми, таблици, схеми и уравнения трябва да бъдат вградени в текста в точката на уместност. Отделни графики могат да бъдат предоставени по-късно при ревизия, ако е необходимо.
      • Препратките могат да бъдат предоставени във всякакъв стил, но те трябва да са пълни, включително заглавията. За информация относно необходимите компоненти на различни референтни типове, моля, вижте краткото ръководство за стил на ACS.
      • Поддържащата информация трябва да бъде представена като отделен файл(ове).

      Шаблони и формат на документи

      Използването на ръкописни шаблони е не необходима за ES&T, но може да е полезно да се консултирате, за да определите приблизително как ще бъде съставена статия. Научете повече за шаблоните на документи:

      Допълнителни общи инструкции за подаване на ръкописи и поддържаща информация са достъпни в Издателския център на ACS. Обща информация за подготовката на ръкописите също може да бъде намерена в Ръководството за стил на ACS.

      Ограничения на дължината. Ограниченията за дължина за всеки тип артикули са изброени в раздела Типове артикули. С изключение на гледни точки и писма до редактора, дължината на статията може да се определи чрез преброяване на целия текст, с изключение на заглавната страница, препратките и надписите на фигури/таблици. След това добавете 300 думи за всяка малка фигура, схема или таблица, която заема част от страница. Големите многочастни фигури, обширните таблици, подробните карти или химическите пътища, заемащи страница или повече, трябва да се броят като 600 думи. По преценка на определения редактор, някои фигури или таблици могат да бъдат отчетени като повече от 600 думи.

      Ръкописите, които надвишават ограничението за дължина, ще бъдат прекратени (връщани в секцията Чернови в Paragon Plus) с искане за съкращаване или могат да бъдат незабавно отхвърлени. За да намалите дължината, направете разделите Въведение и Дискусия по-сбити. Освен това използвайте по подходящ начин поддържащата информация (SI виж по-долу), която също е лесно достъпна за читателите на ръкописите на ES&T уебсайт.

      Авторите, които смятат, че превишаването на ограничението за дължина е от съществено значение, трябва да включат убедителен аргумент в мотивационните си писма. В крайна сметка обаче решението дали ръкопис, който надвишава препоръчителната дължина, е подходящ за рецензиране, се взема от назначения редактор.

      Приемлив софтуер, обозначения на файлове и TeX/LaTeX

      Вижте списъка с приемлив софтуер и подходящи обозначения на файлове, за да сте сигурни, че вашите типове файлове са съвместими с ACS Paragon Plus. Налична е и информация за ръкописи, генерирани от TeX/LaTeX.

      Мотивационно писмо

      Мотивационно писмо трябва да придружава всяко подаване на ръкопис. В мотивационното си писмо, моля, дайте обосновка за публикуване в ES&T, което изяснява значението на околната среда. Значителна част от изявленията към ES&T не се изпращат за преглед, защото редактор заключава, че ръкописът не отговаря на стандартите на списанието за новост, научни достойнства или екологична значимост. Мотивационното писмо е вашата възможност да убедите редактора, че това не е така. Цитати на предишни свързани работи, публикувани в ES&T също може да бъде полезно за рецензиращия редактор.

      По време на процеса на подаване можете да го въведете или поставите в системата за подаване, или можете да го прикачите като файл. Мотивационното писмо трябва да изброява авторите и техните връзки, да дава заглавие на ръкописа и да предоставя пълна информация за контакт с всички автори. Ако имате непредпочитан редактор, можете да обясните причината за отправяне на заявката в мотивационното си писмо.

      Текстови компоненти на ръкописа

      Да предположим ES&T читателите са професионалисти, които не са непременно експерти във вашата конкретна област. Изпишете всички съкращения при първа употреба в резюмето и в текста на статията. ES&T не допуска бележки под линия, с изключение на бележка под линия с информация за автора на заглавната страница и бележки под линия с подробности за таблицата/определение.

      Елементи на ръкопис

      Различните раздели на ръкописа са описани подробно по-долу:

      • Заглавие и авторство
      • Резюме, ключови думи и синопсис
      • Графика за съдържанието (TOC)/Абстрактно изкуство
      • Въведение
      • Материали и методи
      • Резултати и дискусия
      • Съкращения
      • Признание
      • Източници на финансиране
      • Препратки
      • Таблици и фигури
      • Формули и уравнения
      • Химически структури
      • Web Enhanced Objects (WEO)
      • подкрепяща информация
      • Обложка на предната корица

      Заглавие. Използвайте кратко, конкретно и информативно заглавие. Ключовите думи в заглавията помагат за ефективно извличане на литература. Ако се използват търговски имена, дайте общи имена в скоби.

      Авторство. Посочете пълното име, средните инициали и фамилията на всеки автор. Пропуснете професионални и официални заглавия. Принадлежността към автора и rsquos трябва да се основава на това къде са били, когато е била изпълнена творбата. Когато настоящият адрес на автор е различен, включете новата информация в бележка под линия. В статия с повече от един автор, името на съответния автор, към когото трябва да се отправят запитвания след публикуване, носи звездичка (*). Посочете имейл адрес за съответния автор.

      Много финансисти и институции изискват да бъдат идентифицирани институционални връзки за всички автори, изброени в работата, която се изпраща. ACS улеснява това изискване, като събира информация за институцията по време на процеса на подаване на ръкописа в ACS Paragon Plus (Стъпка 2 в Paragon Plus: Автори и връзки).

      Включете като съавтори всички, които са дали съществен принос в работата. Добавянето или изтриването на автор(и) след изпращане на ръкописа изисква обосновка от съответния автор и подлежи на одобрение от редакцията. Починалите лица, които отговарят на критериите за включване като съавтори, трябва да бъдат включени с бележка 'Информация за автора', посочваща датата на смъртта.

      Резюме, ключови думи и синопсис.

      Резюме. Ясен и сбит резюме от 150&ndash200 думи трябва да придружава изследователски статии, преглед и ръкописи от перспектива. Като обобщение от един параграф, опишете целта, методите или процедурите, значимите нови резултати и последиците. Определете всички съкращения или акроними, използвани в резюмето. Включете основни количествени данни, ако могат да бъдат изложени накратко, но не включвайте основния материал. Не включвайте референтни номера в резюмето.

      За Характеристики включете по-кратко 3&ndash5 изречение Резюме, написано на ниво, разбираемо за научно грамотната широка публика.

      Ключови думи. Изследователски статии, анализ на политиката, прегледи, гледни точки, характеристики и гледни точки трябва да бъдат придружени от 5&ndash8 ключови думи. Авторите се насърчават да включват значими ключови думи, които не се появяват в заглавието, за да разширят откриваемостта и да помогнат на читателя при извличане на литература. Ключовите думи се публикуват непосредствено преди текста, след резюмето.

      Синопсис. Синопсисът е кратко нетехническо изявление (

      20 думи), обясняващи защо резултатите от вашата статия имат значение и значение за околната среда и как науката или технологията информират конкретна екологична система (въздух, вода, почва, човешка или друга биота), системни взаимодействия или политика. Синопсисът е задължително за Изследователски статии, анализ на политиката, перспективи и характеристики и трябва да присъстват при подаване. Синопсисът трябва да е пълно изречение. Резюмето НЕ е описание на TOC/Абстрактната графика.

      Графика за съдържанието (TOC)/Абстрактно изкуство. Тази графика, необходима за изследователски статии, рецензии, гледни точки и характеристики, се появява до резюмето онлайн и във всички версии на статията. Използва се и в други ситуации, в които е необходима представителна графика (например социални медии). Избраното изображение трябва да даде на читателите бързо визуално представяне на същността на хартията. Той трябва да бъде прост и относително свободен от текст и технически знаци и да използва цвят за визуално въздействие. Абстрактното изкуство може да включва снимка на терен или схема, изобразяваща централните находки на хартията. Моля, вижте скорошен брой на списанието за примери. Налични са и насоки за спецификациите на TOC/Abstract Art. Моля, вижте също Приложение 3 за списък на одобрените графични програми, които имат приемливи споразумения за авторски права за търговска употреба на графики, нарисувани от автора.

      Всички части от графиката на TOC трябва да са създадени от авторите на статията. Материалът, който всъщност не е създаден от авторите, не може да се появи в графиката на TOC, дори ако собственикът на авторските права върху материала не иска кредит.

      Изискване за размер = 240 точки ширина на 135 точки височина (3,25&rdquo x 1,75&rdquo приблизително 8,25 см на 4,45 см)

      • Изображенията трябва да са оригинални (непубликувани преди) и създадени от един от авторите на статията.
      • Не са разрешени изявления за авторски права, кредит, разрешение или авторство.
      • Не са разрешени надписи или легенди.
      • Снимките може да не показват никакви идентифицирани лица, освен ако не е предоставено издание на модел за ВСИЧКИ разпознаваеми лица. Всички снимки трябва да са направени от автор на статията.
      • Не могат да се използват защитени с авторски права, обществено достояние, лиценз Creative Commons, ClipArt или стокови фотоматериали.
      • В графиката не може да се показват пощенски марки, валута или артикули със запазена марка (лого на компании или институции, изображения и продукти).
      • Не могат да се използват карти.
      • TOC art подлежи на окончателно одобрение от назначения редактор
      • Авторите трябва да удостоверят в мотивационните си писма, че са спазили тази политика за изкуството на TOC и да потвърдят, че изпратеното изображение е създадено от автор и никога не е било публикувано.

      Въведение. Въведението трябва ясно и кратко да обясни мотивацията за работата, нейната важност и оригиналност, къде се вписва в развитието на областта и защо трябва да представлява интерес за ES&T читатели. Обсъждайте връзките на изследването с публикувана по-рано работа, но не повтаряйте и не предоставяйте пълно литературно проучване. Настоящите констатации не трябва да се включват или обобщават в този раздел. Уводните раздели обикновено са с дължина около 500 думи.

      Материали и методи.Опишете уместни и критични фактори, включени в експерименталната работа, но избягвайте прекомерното описание. Подробности, които не са от съществено значение за разбирането на статията, могат да бъдат поставени в Поддържаща информация (SI). Специфичните експериментални методи трябва да бъдат достатъчно подробни, за да могат другите да повторят експериментите недвусмислено. Избройте устройства от специализиран характер или инструменти, които могат да се различават по производителност или да повлияят на качеството на получените данни (например спектроскопска разделителна способност), включително доставчика. Ако процедурите вече са публикувани, посочете цитати от предишни публикации и разширете само разликите в текущата работа. Авторите трябва да подчертаят всички неочаквани, нови и/или значителни опасности или рискове, свързани с докладваната работа и тази информация за безопасност трябва да бъде включена в раздела Материали и методи.

      Резултати и дискусия. Бъдете завършени, но кратки. Обсъдете своите констатации, постулирайте обяснения за данните, изяснете моделите и сравнете резултатите си с тези на другите. Избягвайте неуместни сравнения или контрасти, всякакви спекулации, неподкрепени от представените данни и многословна дискусия. Не трябва да се използва отделно заключение. Заключителните изявления трябва да бъдат включени в Резултати и дискусия.

      Съкращения.Могат да се използват специализирани съкращения, при условие че са поставени в скоби след думата(ите) в първата точка на употреба. Не включвайте отделен списък със съкращения. Използвайте SI единици и се консултирайте с The ACS Style Guide за списъци на SI единици и предпочитаните форми на често използвани съкращения.

      Признание. Включете само основни кредити, за да потвърдите финансова или професионална помощ при провеждането на изследване. Източниците на финансова подкрепа трябва да бъдат признати. Пропуснете академичните и социалните звания.

      Информация за автора. При необходимост може да бъде включен раздел, озаглавен &ldquoАвторска информация&rdquo, за да се предостави подходяща информация за авторите, като имената на авторите, които са допринесли еднакво за статията, или подробности за датата на смъртта на починал автор.

      Източници на финансиране.От авторите се изисква да докладват ВСИЧКИ източници на финансиране и номера на безвъзмездни средства/награди, свързани с техния ръкопис. За да изпълни това изискване, подаващият автор трябва да въведе всички източници на финансиране за ВСИЧКИ автори, свързани с подаването, И в инструмента Open Funder Registry в сайта за подаване на ACS Paragon Plus и в ръкописа. Вижте тази страница за пълни инструкции. В ръкописа финансирането трябва да бъде потвърдено в раздела за потвърждение.

      Препратки. Препратки към литературата в ES&T трябва да бъдат номерирани по реда на появата и съответните цифри да бъдат поставени на подходящите места в текста като надстрочни цифри. Точността на препратките е отговорност на авторите, които се насърчават да избягват препратки към произведения, които не са били рецензирани от партньори. Номерата на DOI са полезни, но не са задължителни, освен ако не са единствената налична информация за идентифициране (например за наскоро публикувани статии). Прекомерното самоцитиране не е позволено. Всички препратки в публикации, които биха били трудни за получаване на повечето рецензенти или които не са публикувани, трябва да бъдат качени в ES&T Сайтът за подаване на Paragon Plus като информация за &lsquoReview Only&rsquo.

      Примери за референтни формати са достъпни тук. Авторите също могат да се консултират Ръководството за стил на ACS за допълнителна информация относно стила и формата на справката.

      Таблици и фигури

      Таблиците и фигурите трябва да бъдат внимателно проектирани, за да се максимизира представянето и разбирането на експерименталните данни, като се изключва излишната информация. Моля, вижте Приложение 3 за списък на одобрените графични програми и уебсайтове, които имат приемливи споразумения за авторски права за търговска употреба на графики и изображения.

      таблици. Таблиците трябва да бъдат прости, кратки и допълващи, а не дублиращи информация, представена в текста и фигурите. Таблиците трябва да бъдат вградени в текста в точката на уместност и да бъдат снабдени с подходящи заглавия на една фраза или изречение. Заглавието трябва да е разбираемо без препратка към текста. Подробностите или дефинициите трябва да се поставят в долната част като бележки под линия. Таблиците трябва да бъдат номерирани последователно с арабски цифри (т.е. 1, 2, &hellip). Разпределете ги двойно с широки полета, уверете се, че всеки запис на данни е поставен в собствена клетка и подгответе таблици в последователен формат, за предпочитане с помощта на функция за форматиране на таблица за текстообработваща програма и rsquos.

      Фигури. Моля, вижте Приложение 2 за повече подробности как да подготвите графиките си за фигури и Приложение 3 за списък с одобрени графични програми и уебсайтове, които имат приемливи споразумения за авторски права за търговска употреба на нарисувани графики и копирани изображения. Всички графики на фигури трябва да бъдат подготвени и изпратени в цифров формат и за предпочитане вградени в текста в точката на уместност. Графиките трябва да бъдат номерирани последователно с арабски цифри (т.е. 1, 2, ) и придружени от надпис. Също така е приемливо да се подават отделни TIFF, PDF, EPS (векторни произведения на изкуството) или CDX (ChemDraw файл) файлове. Ако се подават отделни графични файлове, те трябва да бъдат наименувани по начин, който ясно идентифицира тяхната функция (например, схема 1, фигура 1). Всеки отделен графичен файл трябва да включва и надписа за съответната графика в самия ръкопис.

      Всяка фигура трябва да има добра разделителна способност, да е ясна, кратка и пълна и да използва четлив шрифт. Цветовете могат да се използват за подобряване на графиката. Графиките трябва да отговарят на минималните стандарти за качество на списание&rsquos или ще бъдат върнати на авторите за подобрение. Всяка графика (фигура, диаграма, схема или уравнение), която се е появила в по-ранна публикация, трябва да включва кредитна линия, цитираща оригиналния източник. Авторите са отговорни за получаването на писмено разрешение за повторно използване на този материал.

      Специални изисквания за графики на EPS и TIFF файлове (както когато са вградени в Word файл, така и когато се подават отделно):

      • EPS файлове: Всички шрифтове трябва да бъдат преобразувани в контури или вградени в графичния файл. Настройките на документа трябва да са в RGB режим.
      • TIFF файлове: Черната и бялата графика трябва да има разделителна способност 1200 dpi в сивата скала (монохроматично изображение, съдържащо нюанси на сивото) трябва да има разделителна способност 600 dpi, а цветното изображение (цветен режим RGB) трябва да има разделителна способност 300 dpi.

      В допълнение, ACS Authoring Services може да подготви вашите фигури, таблици и илюстрации към точните спецификации на списанието от ваше име. Това включва промени в типа на файла, разделителната способност, цвета, пространството, шрифта, мащаба, теглото на редовете и оформлението (за подобряване на четливостта и професионалния външен вид).

      Формули и уравнения. Химическите формули трябва да бъдат вградени в текста в точката на уместност и трябва да съответстват на Ръководството за стил на ACS. Химическите уравнения трябва да бъдат балансирани и номерирани последователно заедно с математическите уравнения. Математическите аргументи трябва да са възможно най-кратки.

      Химически структури. Химическите структури трябва да се произвеждат с помощта на програма за рисуване като ChemDraw.

      Web Enhanced Objects (WEO). Уеб изданията на списанията на ACS позволяват на читателите да преглеждат мултимедийни прикачени файлове като анимации и филми, които допълват разбирането на докладваното изследване. WEO трябва да бъдат качени в ACS Paragon Plus с &lsquoWeb Enhanced Object&rsquo, избран като обозначение на файла. Вижте списъка със съвместими WEO формати.

      Подкрепяща информация. Допълнителни данни и материали, представляващи интерес предимно за специалисти, се поставят в Поддържаща информация, за да се съкрати дължината на текста в изследователските ръкописи. Моля, вижте раздела Поддържаща информация (SI) (По избор) за повече подробности по-долу.

      Обложка на предната корица. ES&T има различно изображение на предната корица на всеки брой. Изображението на корицата обикновено е свързано с работа, публикувана в този конкретен брой на списанието. Авторите се насърчават да изпращат изображения, които да бъдат разгледани за използване на бъдещи предни корици по време на първоначалното им изпращане.

      Изображенията, които трябва да бъдат взети предвид за корицата, трябва да привличат вниманието, да имат въображение и оригинални. Непубликувани изображения се насърчават. Кориците трябва да бъдат изпратени като електронен файл във формат eps, tif, jpg или png (не pdf или ppt) и да бъдат приблизително 8 инча широки и 11 инча високи, с минимална разделителна способност от 300 dpi (цвят) (2400 x 3300). пиксели). Файлът трябва да бъде изпратен като многопластов файл, за да се даде възможност за подобряване на изкуството на отделни елементи. Горните 3 инча на изображението на корицата ще бъдат закрити от логото на списанието, а долният 1 инч ще бъде закрит от лентата за публикации на ACS. Авторите трябва също да включват надпис от 5-10 думи, който ще се появи на предната корица, и кратко (по-малко от 50 думи) описание на корицата, което ще бъде публикувано до изображението. Примери за предишни ES&T кориците могат да се видят на https://pubs.acs.org/loi/esthag.

      Ако изображението е било публикувано преди това, авторите трябва да включат подписан формуляр за разрешение от издателя за препечатване на изображението във всички медийни формати (печатни и електронни). Вижте Авторски права и разрешения на уебсайта на ACS Paragon Plus за повече информация. Ако вашето изкуство бъде избрано за предна корица, то ще бъде публикувано безплатно за авторите. ACS също така ще ви изпрати информация как да заявите един безплатен отпечатан плакат 18&rdquo на 24&rdquo, представящ вашата работа.

      ES&T също така предлага на авторите чудесен начин да популяризират работата си чрез допълнителни корици. Изпратете вашата идея за корицата, произведение на изкуството и надпис, когато изпращате ревизията на ръкописа си в ACS Paragon Plus. Ако статията ви бъде приета за публикуване, вашето предложение може да бъде избрано за използване в някоя от допълнителните корици на списанието&rsquos.

      Разкрития

      Съответният автор трябва да разкрие всеки потенциал и/или съответен конкурентен финансов или друг интерес (на всички автори), който може да бъде засегнат от публикуването на резултатите, съдържащи се в ръкописа. Потенциалните конфликти на интереси и източниците на финансиране на докладваното изследване трябва да бъдат ясно посочени в момента на подаване на ръкописа и включени в Благодарностите. Ако не е деклариран потенциал за конфликт на интереси, в статията ще бъде публикувано следното изявление: &ldquoАвторите декларират, че няма конкуриращи се финансови интереси.&rdquo Вижте Етичните насоки на ACS за допълнителни подробности.

      Подкрепяща информация

      Авторите се насърчават да използват подкрепяща информация (SI), за да представят допълнителни данни и материали, представляващи интерес главно за специалисти, като начин за съкращаване на текста на изследователските ръкописи. Тази информация се предоставя на рецензентите по време на процеса на партньорска рецензия и е достъпна за читателите на публикуваната работа безплатно на уебсайта на ACS. Поддържащата информация трябва да бъде представена едновременно с ръкописа. По-специално, разделът Материали и методи трябва да предоставя подробностите, необходими на читателя, за да определи дали интерпретациите са подкрепени от данните, но експерименталните подробности, включително схеми на апаратура и карти на местата за изследване, трябва да бъдат докладвани в SI, както и подробни изчисления, изводи, бази данни и данни, които не са от съществено значение за разбирането на Резултатите и дискусията (напр. референтни спектри). Когато включвате поддържаща информация само за преглед, включете копия на препратки, които не са публикувани или са в печат. Тези файлове са достъпни само за редактори и рецензенти. Вижте списъка с приемлив софтуер по обозначение на файла и потвърдете, че вашата поддържаща информация е видима.

      All SI files of the same type should be submitted as a single file (rather than as a series of files containing individual images or structures). For example, all SI available as PDF files should be contained in one PDF file, if possible, and all CIFs should be submitted as a single file. Whenever possible, SI should be consolidated into a single word-processing file with graphics embedded.

      SI should be formatted with a cover sheet listing authors, manuscript title, and the number of pages, figures, and tables. SI pages must be numbered consecutively, starting with page S1. Tables and figures should be numbered Table S1 and Figure S1. Reference to tables and figures included in the supporting information should be made in the main manuscript. A paragraph of descriptions should be placed at the end of the manuscript before the References. The appropriate format is:

      Фигура S1. Caption (single sentence or a few words to describe)

      Таблица S1. Caption (single sentence or a few words to describe)

      SI is not permitted for Correspondence/Rebuttal, Additions and Corrections, Features, Viewpoints, or Letters to the Editor.

      Data Requirements

      Номенклатура. Use abbreviations and acronyms sparingly, and all usage should be defined at the first occurrence in the text. Whenever possible, use systematic nomenclature as recommended by IUPAC and IUBMB for chemical compounds and biomolecules, and SI units. The ACS and IUPAC websites have links to nomenclature recommendations. Usually the chemical name or composition should be given in parantheses or in a reference at the first occurrence of such a name. Names of organisms should comply with genetic conventions, with genus and species names written in italics and spelled out in full on first appearance. Trademark names should be defined at the point of first use and registered trademark names should be capitalized whenever used. Registration marks are not required to ensure legal protection for the trademark. Trade and trivial names should not be capitalized.

      Data Presentation. Data should be presented in a way that makes interpretation clear to the reader.

      For more information on data presentation, see:

      Biological Assays. Exposure protocols and methods must be referenced or described in sufficient detail to permit the experiments to be repeated by other investigators. This includes for example information on the preparation of the test materials, medium components, and duration of exposure. In addition, the applied dose or dose range should be given in a meaningful unit and the relevance of the applied dose should be substantiated. Doses and concentrations should be expressed as molar quantities (e.g. &mumol/kg, mM, etc.), particularly when comparisons of potencies are made on compounds having large differences in molecular weights. The routes of administration of test compounds and vehicles should be indicated. Benchmarks should be included in form of appropriate positive or negative control substances or reference materials. Especially for studies on nanomaterials, assays should be checked for interference induced by nanomaterials, e.g. optical or chemical interference, masking of the analyte or other interference mechanisms by inclusion of appropriate controls. Also for studies on nanomaterials, sterilization procedures and specification of dilution steps as well as the order of addition should be provided, and as far as possible, various measuring units related to dose (e.g. surface area, mass, particle number per surface area, volume, cell number) should be given to increase comparability with other studies. Data may be presented as numerical expressions or in graphical form. Statistical limits (statistical significance) for the biological data are usually required. If statistical limits cannot be provided, the number of determinations and some indication of the variability and reliability of the results should be given. References to statistical methods of calculation should be included.

      Use of Human Subjects or Animals in Research. The American Chemical Society Publications rules and ethical guidelines provide mandatory standards of practice in experimental studies performed using biological samples obtained from animals or human subjects. Studies submitted for publication approval must present evidence that the described experimental activities have undergone local institutional review assessing safety and humane usage of study subject animals.

      Research Involving Animals. An indication that all animal experiments have undergone ethical review and were carried out with appropriate permissions or licences from national or institutional committees that cover the research must be provided. Relevant details listed in the latest version of the ARRIVE (Animal Research: Reporting of In Vivo Experiments) guidelines should be given, especially the description of animals (e.g. source, sex, age, species, and strain), experimental design (e.g. number of groups, number of animals in each group, how animals were divided, and a flow chart of the study protocol) and procedures (e.g. drug or chemical formulation, dose, treatment time and frequency). The numbers of animals for each experiment used in the research should be clearly stated in the Materials and Methods section in manuscript and legends of relevant Tables and Figures. Justifications for the doses used in the research should be included, and where appropriate, the relationship between these doses and relevant environmental or human exposure or intake levels is encouraged to be provided.

      Research involving Human Subjects. Authors must provide a statement that study samples were obtained through the informed consent of the donors, or in lieu of that evidence, by the authority of the institutional board that licensed the use of such material. The institution&rsquos name and approved IRB number must be listed in the paper. Details listed in the latest version of the STROBE (Strengthening the Reporting of Observational Studies in Epidemiology) guidelines and description of informed consent protocols must also be provided. Papers that include any aspect of Community-Based Participatory Research (CBPR) or citizen science must include information on practices employed to protect vulnerable populations

      Advancing scientific discoveries can be enhanced when data and materials are made available and readily exchanged. ES&T requires for all published articles that authors make materials, data, and protocols available to readers through deposition in a public database. A statement must appear in the submitted manuscript confirming submission of the data and indicating the data bank and any pertinent accession codes/ID.

      To identify the repository that meets your particular needs, you may find FAIR Sharing Databases, Registry of Research Data Repositories, and Repository Finder helpful. Authors may also want to further investigate unstructured and/or large data repositories, such as Dryad Digital Repository, figshare, Open Science Framework, and Zenodo, or institutional repositories for depositing data. If there is no appropriate repository available, general publicly available repositories should be used.

      In addition, ACS Publications&rsquo figshare houses all Supporting Information within the HTML presentation of the paper and at acs.figshare.com. Authors also agree to make available to interested academic researchers for their own use any materials reported in the manuscript that are not otherwise obtainable. Any restrictions to the availability of materials or information must be stated at the time of submission. The ACS Math Style Sheet and NMR Guidelines are available on the ACS Publishing Center.

      For sequence data and microarray data, the relevant accession numbers should be available at the time that the revision is submitted and should be listed at the end of the Materials and Methods section in the revised version of the manuscript.

      Proteomics data. Proteomic experiments must meet the standards established by the Journal of Proteome Research. More information is available in the Publication Guidelines for the Analysis and Documentation of Peptide and Protein Identifications. Protein sequences should be handled in the same way as described above, and accession number and database source should be included.

      Computer codes. When computer codes are developed or used and are an essential part of a manuscript, sufficient detail must be given, either within the paper or in the SI. Types of languages that are used in the computer codes, compiler/interpreter, and operating system with a specific version must be provided or properly cited. Upon request, after appropriate material transfer agreements to restrict the use of the materials so as to protect the legitimate interests of the authors, codes and input data must be made available for others to validate the calculations. Regardless of whether the source code is open or closed source, it must be properly cited in the References.

      Computational chemistry calculations. When computational chemistry calculations are performed, input data&mdash including force field parameters, equations defining the model (or references to where such material is available in the open literature), methods and approaches, and basis sets&mdashmust be given either within the paper or in the SI. If the software used for calculations is generally available, it must be properly cited in the References. References to the methods upon which the software is based must also be provided.

      Материали. When requested, the authors should also make a reasonable effort to provide samples of unusual materials unavailable elsewhere, including, but not limited to, clones, microorganism strains, antibodies, computer codes, etc., to other researchers, with appropriate material transfer agreements to restrict the field of use of the materials so as to protect the legitimate interests of the authors. Any restrictions to the availability of materials or information must be stated at the time of submission.

      Language and Editing Services

      A well-written paper helps share your results most clearly. The English in all submissions must meet the journal&rsquos minimum standards for publication. Manuscripts containing numerous errors in grammar and word choice can frustrate reviewers and make the review process challenging. ACS Publications&rsquo English Editing Service is designed to help scientists communicate their research effectively. Although using such a service does not guarantee acceptance of a manuscript, they may help in clarifying the significance of your research. Our subject-matter expert editors will edit your manuscript for grammar, spelling, and other language errors so your ideas are presented at their best.

      Preparing Graphics

      The quality of illustrations in ACS journals and partner journals depends on the quality of the original files provided by the authors. Figures are not modified or enhanced by journal production staff. All graphics must be prepared and submitted in digital format.

      Graphics should be inserted into the main body whenever possible. Please see Appendix 2 for additional information.

      Any graphic (figure chart, scheme, or equation) that has appeared in an earlier publication should include a credit line citing the original source. Authors are responsible for obtaining written permission to re-use this material.

      Figure and Illustration Services

      The impact of your research is not limited to what you can express with words. Tables and figures such as graphs, photographs, illustrations, diagrams, and other visuals can play a significant role in effectively communicating your findings. Our Figures service generates publication-ready figures that conform to your chosen journal&rsquos specifications. This includes changes to file type, resolution, color space, font, scale, line weights, and layout (to improve readability and professional appearance).


      Preparing for Submission

      Manuscripts, graphics, supporting information, and required forms, as well as manuscript revisions, must all be submitted in digital format through ACS Paragon Plus, which requires an ACS ID to log in. Registering for an ACS ID is fast, free, and does not require an ACS membership. Please refer to Appendix 1 for additional information on preparing your submission

      Prior Publication Policy

      ES&T Letters considers only original work for publication that has not been previously published and is not under consideration for publication elsewhere. Related work under consideration for publication in any medium must be cited in the manuscript and the Editor-in-Chief informed at the time of submission. In addition, an author must inform the Editor-in-Chief of prior dissemination of the content in print or electronic formats in the cover letter. Posting of pre-prints to a pre-print server such as ChemRxiv, bioRхiv, arXiv, or applicable repository for their discipline before the manuscript is accepted for publication is considered acceptable but requires citing of the pre-print. Authors may revise the preprint version of their manuscript up until a final acceptance decision has been issued. Please note the use of a pre-print server in the cover letter and provide a link to the preprint, and as appropriate, state how the manuscript has been adjusted/updated between deposition and submission. All other prior/redundant publication is forbidden. Failure to alert ES&T Letters in your cover letter to any prior publication of your submission may be viewed as an ethical violation. Upon publication in ES&T Letters, authors are advised to add a link from the pre-print to the published paper via the Digital Object Identified (DOI) that is assigned to the published article. Some preprint servers, including ChemRxiv and bioRхiv, include this link for authors automatically after publication.

      Authors submitting material that has been used in their thesis/dissertation must contact the Editor-in-Chief for approval. Authors will be asked to confirm that they alone hold the copyright to the work and to read and comply with the ACS dissertation policy and the conditions and procedures laid out in the ACS Journal Publishing Agreement (JPA). Authors will also need to make arrangements with their degree-granting institution (and any repositories to which their thesis/dissertation has been or will be posted) to either delay posting of the thesis/dissertation or remove the material from the Internet until the final paper is published by ES&T Letters (i.e. the work is considered under embargo). Finally, they will need to properly cite the ES&T Letters article in any versions of the thesis/dissertation made publicly available after the embargo period.

      Authors wishing to include published ES&T Letters material in their thesis/dissertation should follow the guidelines of the ACS dissertation policy. They must contact the Editor-in-Chief for permission, and properly cite and link to the published ES&T Letters статия. Permission requests for all ACS Journal materials are handled through the RightsLink service. Please see the RightsLink instructions for complete details: https://pubs.acs.org/page/copyright/rightslink.html

      Proceedings of conferences and symposia.

      Authors cannot publish presentations in proceedings (paper or electronic) that are copyrighted (except by ACS) and then submit them to ES&T Letters due to copyright concerns. If the proceedings are not copyrighted, publishing a short abstract without figures or tables is permissible. It is the responsibility of authors to notify ES&T Letters of any abstracts that have been published in any form.

      ES&T Letters will consider for publication a paper or presentation that has been posted on a website available to the general public, provided that the site is the personal site of the author and is not connected to a commercial site. Authors must notify the journal at the time of submission if the material has been available on the Internet or equivalent electronic media and must remove the material from the site at the time of submission. When the paper is published, authors may provide an electronic link from that site to the ES&T Letters homepage. If the website is a commercial site not owned by ACS, the authors are advised that consideration of the paper may be endangered.

      Authors must confirm that they alone hold the copyright to the report. If a government or funding organization requires posting of a related report, please contact the Editor-in-Chief and provide specific details

      Editorial Policies

      Партньорска проверка

      All manuscripts submitted are reviewed and handled by the Editor-in-Chief and assigned to one of the Associate Editors. The Editor-in-Chief and Associate Editors evaluate the content and format of the paper. A significant fraction of manuscripts submitted to ES&T Letters are declined after review by an editor and are not sent for external review. Common reasons for declining manuscripts at this initial stage include insufficient urgency, novelty, lack of sufficient environmental relevance, failure to place the rationale for the study or the results in the context of existing literature, insufficient quality of the data, or problems with the manuscript presentation (length limits, inadequate English, figure quality).

      Manuscripts that meet editorial expectations are sent for external review to experts in the field. Associate editors select reviewers, monitor the progress of the review process, evaluate the comments of reviewers and forward them to the authors for their response, communicating ultimate acceptance or rejection to the corresponding author and carrying out a final check of accepted manuscripts.

      Peer review is used to ensure the highest possible quality in published manuscripts. Scientists with expertise in the subject matter are invited to evaluate the submission for its originality, validity, significance and impact on the field and suitability to the ES&T Letters. Typically three reviewers are selected per paper on the basis of the subject matter, available expertise and the Editor&rsquos knowledge of the subject area. Authors must also submit the names and addresses (including email addresses) of at least 4 potential reviewers who do not have conflicts of interest with the authors or manuscript content. Whenever possible, suggest academic email addresses rather than personal email addresses. However, the Editors are under no obligation to use specific individuals. Anonymous copies of the reviews and the Editor&rsquos decision regarding the acceptability of the manuscript are sent to the corresponding author. If the reviewers&rsquo evaluations of the manuscript disagree, of if reviewer&rsquos and Editor&rsquos comments are not satisfactorily addressed by the authors, the Editor may reject the manuscript or select additional reviewers to further assist in reaching a final decision on the manuscript.

      The editors may exercise their prerogative to decline a manuscript after editorial review if that paper is judged to outside the scope of ES&T Letters, is lacking in urgency, novelty, significance or impact, is poorly written or formatted, or is fragmentary and marginally incremental in its contribution.

      Submitting Revised Manuscripts and Response to Reviewers

      Following the peer review of your manuscript, the corresponding author may be requested to perform a revision of the manuscript in order to fully satisfy all peer review comments. If you are submitting a revised manuscript (or an authorized resubmission of a manuscript that was already peer reviewed), you must submit point-by-point responses to each of the comments of the reviewers. We recommend that you copy the reviewer&rsquos comment into the text immediately prior to your response. You should also upload, as &lsquoInformation for Review Only&rsquo, a version of the manuscript with changes highlighted to allow the editor to easily discern the revisions that have been made.

      Resubmission of Previously Declined Manuscripts to ES&T Letters

      If your manuscript is declined by ES&T Letters, read the decision letter carefully. Manuscripts are often declined because the editor determines that the subject matter is not appropriate for ES&T Letters or that the urgency, novelty or significance of the manuscript is insufficient.

      If you wish to submit a revised version of a declined manuscript to ES&T Letters, you must first contact the associate editor who handled your original submission to request permission to resubmit. If you receive permission to resubmit, indicate in your cover letter that it is an authorized revision of a previously submitted manuscript, provide the original manuscript number, and state how the manuscript has changed. If the manuscript was reviewed, submit a detailed, point-by-point list of your responses to each of the comments of the reviewers or provide convincing reasons for declining to do so. The manuscript should be submitted online (see the Manuscript Submission section of this Guide, below), where it will receive a new manuscript number. During the submission process, mark &ldquoYes&rdquo when asked if the manuscript has been previously submitted &ldquoin whole or in part.&rdquo Manuscripts that editors judge to be resubmissions, in whole or in part, of previously submitted manuscripts that do not comply with these rules will not be considered for publication. Moreover, failure to alert ES&T Letters to a resubmission, even in part, is an ethical violation.

      Appeal Process

      If your manuscript is declined by ES&T Letters and the author believes an error has been made, you may appeal the decision directly to the editor who made it, providing a clear explanation for why you believe he or she should reconsider the decision. If the editor upholds the rejection, you may appeal the decision to the Editor-in-Chief ([email protected]). When outlining your appeal to the Editor-in-Chief, please include confirmation that you first asked the handling editor to reconsider the decision and then provide a clear explanation as to why you believe that the associate editor&rsquos decision is unreasonable. The Editor-in-Chief&rsquos decisions on appeals are final.

      This same process should be used for appealing an editor&rsquos denial of your request to resubmit a previously submitted manuscript.

      Providing Potential Reviewer Names

      Please suggest 4 reviewers. Authors are encouraged to avoid suggesting reviewers from the authors&rsquo institutions. Do not suggest reviewers who may have a real or perceived conflict of interest. Whenever possible, suggest academic email addresses rather than personal email addresses.

      Manuscript Transfer

      If your submission is declined for publication by ES&T Letters, the assigned editors might deem your work to be better suited for another ACS Publications journal or partner journal and suggest that the authors consider transferring the submission. Manuscript Transfer simplifies and shortens the process of submitting to another ACS journal or partner journal, as all the coauthors, suggested reviewers, manuscript files, and responses to submission questions are copied by ACS Paragon Plus to the new draft submission. Authors are free to accept or decline the transfer offer.

      During the transfer submission process, authors will have the opportunity to revise the manuscript and address comments received from editors or reviewers. Requirements of the new journal may be different, so authors should also check the Author Guidelines for the new journal and make any needed revisions in order to conform to those requirements. Please keep in mind that the reviews, reviewer identities, and decision letter will all be transferred to the new journal. Authors are encouraged to identify changes made to the manuscript in a cover letter for the new journal.

      Note that each journal is editorially independent. Transferring a manuscript is not a guarantee that the manuscript will be accepted, as the final publication decision will belong to the editor of the next journal. Complete details can be found here.


      Wang, R., Li, Q., Helfer, C.M., Jiao, J. & You, J. Bromodomain protein Brd4 associated with acetylated chromatin is important for maintenance of higher-order chromatin structure. J. Biol. Chem. 287, 10738–10752 (2012).

      Dey, A., Chitsaz, F., Abbasi, A., Misteli, T. & Ozato, K. The double bromodomain protein Brd4 binds to acetylated chromatin during interphase and mitosis. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 100, 8758–8763 (2003).

      Filippakopoulos, P. et al. Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. клетка 149, 214–231 (2012).

      Floyd, S.R. et al. The bromodomain protein Brd4 insulates chromatin from DNA damage signalling. природата 498, 246–250 (2013).

      Wu, S.Y. & Chiang, C.M. The double bromodomain-containing chromatin adaptor Brd4 and transcriptional regulation. J. Biol. Chem. 282, 13141–13145 (2007).

      Zuber, J. et al. RNAi screen identifies Brd4 as a therapeutic target in acute myeloid leukaemia. природата 478, 524–528 (2011).

      Wyce, A. et al. BET inhibition silences expression of MYCN and BCL2 and induces cytotoxicity in neuroblastoma tumor models. PLoS One 8, e72967 (2013).

      Yang, Z., He, N. & Zhou, Q. Brd4 recruits P-TEFb to chromosomes at late mitosis to promote G1 gene expression and cell cycle progression. Mol. клетка. Biol. 28, 967–976 (2008).

      Nagarajan, S. et al. Bromodomain protein BRD4 is required for estrogen receptor-dependent enhancer activation and gene transcription. клетъчен представител 8, 460–469 (2014).

      Wu, T., Pinto, H.B., Kamikawa, Y.F. & Donohoe, M.E. The BET family member BRD4 interacts with OCT4 and regulates pluripotency gene expression. Stem Cell Rep. 4, 390–403 (2015).

      Filippakopoulos, P. et al. Selective inhibition of BET bromodomains. природата 468, 1067–1073 (2010).

      Seal, J. et al. Identification of a novel series of BET family bromodomain inhibitors: binding mode and profile of I-BET151 (GSK1210151A). Bioorg. Мед. Chem. Lett. 22, 2968–2972 (2012).

      Filippakopoulos, P. & Knapp, S. Targeting bromodomains: epigenetic readers of lysine acetylation. Нац. Rev. Drug Discov. 13, 337–356 (2014).

      Andersson, B.S. et al. KBM-7, a human myeloid leukemia cell line with double Philadelphia chromosomes lacking normal c-ABL and BCR transcripts. левкемия 9, 2100–2108 (1995).

      Zhu, J. et al. Reactivation of latent HIV-1 by inhibition of BRD4. клетъчен представител 2, 807–816 (2012).

      Banerjee, C. et al. BET bromodomain inhibition as a novel strategy for reactivation of HIV-1. J. Leukoc. Biol. 92, 1147–1154 (2012).

      Schermelleh, L. et al. Subdiffraction multicolor imaging of the nuclear periphery with 3D structured illumination microscopy. наука 320, 1332–1336 (2008).

      Towbin, B.D. et al. Step-wise methylation of histone H3K9 positions heterochromatin at the nuclear periphery. клетка 150, 934–947 (2012).

      Проектен консорциум ENCODE. Интегрирана енциклопедия на ДНК елементите в човешкия геном. природата 489, 57–74 (2012).

      Whyte, W.A. et al. Master transcription factors and mediator establish super-enhancers at key cell identity genes. клетка 153, 307–319 (2013).

      Filippakopoulos, P. et al. Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family. Bioorg. Мед. Chem. 20, 1878–1886 (2012).

      Zhang, J.H., Chung, T.D. & Oldenburg, K.R. A simple statistical parameter for use in evaluation and validation of high throughput screening assays. J. Biomol. Екран. 4, 67–73 (1999).

      Fish, P.V. et al. Identification of a chemical probe for bromo and extra C-terminal bromodomain inhibition through optimization of a fragment-derived hit. J. Med. Chem. 55, 9831–9837 (2012).

      Mirguet, O. et al. Discovery of epigenetic regulator I-BET762: lead optimization to afford a clinical candidate inhibitor of the BET bromodomains. J. Med. Chem. 56, 7501–7515 (2013).

      McLure, K.G. et al. RVX-208, an inducer of ApoA-I in humans, is a BET bromodomain antagonist. PLoS One 8, e83190 (2013).

      Ciceri, P. et al. Dual kinase-bromodomain inhibitors for rationally designed polypharmacology. Нац. Chem. Biol. 10, 305–312 (2014).

      Roe, J.-S., Mercan, F., Rivera, K., Pappin, D.J. & Vakoc, C.R. BET bromodomain inhibition suppresses the function of hematopoietic transcription factors in acute myeloid leukemia. Mol. клетка 58, 1028–1039 (2015).

      Hay, D.A. et al. Discovery and optimization of small-molecule ligands for the CBP/p300 bromodomains. J. Am. Chem. Soc. 136, 9308–9319 (2014).

      Hammitzsch, A. et al. CBP30, a selective CBP/p300 bromodomain inhibitor, suppresses human Th17 responses. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 112, 10768–10773 (2015).

      Picaud, S. et al. Generation of a selective small molecule inhibitor of the CBP/p300 bromodomain for leukemia therapy. Cancer Res. 75, 5106–5119 (2015).

      McKeown, M.R. et al. Biased multicomponent reactions to develop novel bromodomain inhibitors. J. Med. Chem. 57, 9019–9027 (2014).

      Fedorov, O. et al. [1,2,4]triazolo[4,3-а]phthalazines: inhibitors of diverse bromodomains. J. Med. Chem. 57, 462–476 (2014).

      Chaikuad, A., Petros, A.M., Fedorov, O., Xu, J. & Knapp, S. Structure-based approaches towards identification of fragments for the low-druggability ATAD2 bromodomain. MedChemComm 5, 1843–1848 (2014).

      Bliss, C.I. The toxicity of poisons applied jointly. Ан. Прилож. Biol. 26, 585–615 (1939).

      Johnson, R.L. et al. A quantitative high-throughput screen identifies potential epigenetic modulators of gene expression. анален. Biochem. 375, 237–248 (2008).

      Best, A.M., Chang, J., Dull, A.B., Beutler, J.A. & Martinez, E.D. Identification of four potential epigenetic modulators from the NCI structural diversity library using a cell-based assay. J. Biomed. Биотехнология. 2011, 868095 (2011).

      Wang, L. et al. A small molecule modulates Jumonji histone demethylase activity and selectively inhibits cancer growth. Нац. комун. 4, 2035 (2013).

      Tchasovnikarova, I.A. et al. Epigenetic silencing by the HUSH complex mediates position-effect variegation in human cells. наука 348, 1481–1485 (2015).

      Blank, J. et al. Imidazopyrrolidinone derivatives and their use in the treatment of disease. WPO patent WO/2014/191894 (2014).

      Engelhardt, H. et al. Triazolopyridazine. US Patent Office patent US 2014/0135336 (2014).

      Blank, J. et al. Pyrazolopyrrolidine derivatives and their use in the treatment of disease. WPO patent WO/2014/191896 (2014).

      Albrecht, B.K., Harmange, J., Côté, A. & Taylor, A. Bromodomain inhibitors and uses thereof. WPO patent WO/2012/17448 (2012).

      Lee, D.H. et al. Functional characterization of core promoter elements: the downstream core element is recognized by TAF1. Mol. клетка. Biol. 25, 9674–9686 (2005).

      Kloet, S.L., Whiting, J.L., Gafken, P., Ranish, J. & Wang, E.H. Phosphorylation-dependent regulation of cyclin D1 and cyclin A gene transcription by TFIID subunits TAF1 and TAF7. Mol. клетка. Biol. 32, 3358–3369 (2012).

      Kandiah, E., Trowitzsch, S., Gupta, K., Haffke, M. & Berger, I. More pieces to the puzzle: recent structural insights into class II transcription initiation. Curr. Opin. Структура. Biol. 24, 91–97 (2014).

      Wang, T. et al. Identification and characterization of essential genes in the human genome. наука 350, 1096–1101 (2015).

      Blomen, V.A. et al. Gene essentiality and synthetic lethality in haploid human cells. наука 350, 1092–1096 (2015).

      Arrowsmith, C.H. et al. The promise and peril of chemical probes. Нац. Chem. Biol. 11, 536–541 (2015).

      Workman, P. & Collins, I. Probing the probes: fitness factors for small molecule tools. Chem. Biol. 17, 561–577 (2010).

      Frye, S.V. The art of the chemical probe. Нац. Chem. Biol. 6, 159–161 (2010).

      Bielefeld-Sevigny, M. AlphaLISA immunoassay platform—the “no-wash” high-throughput alternative to ELISA. Анализ на лекарството Dev. Технол. 7, 90–92 (2009).

      Kim, D. et al. TopHat2: точно подравняване на транскриптомите в присъствието на вмъквания, делеции и генни сливания. Геном Biol. 14, R36 (2013).

      Wang, L., Wang, S. & Li, W. RSeQC: quality control of RNA-seq experiments. Биоинформатика 28, 2184–2185 (2012).

      Kent, W.J. et al. Браузърът на човешкия геном в UCSC. Геном Res. 12, 996–1006 (2002).

      Subramanian, A. et al. Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 102, 15545–15550 (2005).

      Mootha, V.K. et al. Integrated analysis of protein composition, tissue diversity, and gene regulation in mouse mitochondria. клетка 115, 629–640 (2003).

      Huang, W., Sherman, B.T. & Lempicki, R.A. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Нац. протокол. 4, 44–57 (2009).

      Huang, W., Sherman, B.T. & Lempicki, R.A. Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists. Нуклеинови киселини Res. 37, 1–13 (2009).


      Data Access

      Provides functions supporting the reading and parsing of internal e-book content from EPUB files. The epubr package provides functions supporting the reading and parsing of internal e-book content from EPUB files. E-book metadata and text content are parsed separately and joined together in a tidy, nested tibble data frame. E-book formatting is not completely standardized across all literature. It can be challenging to curate parsed e-book content across an arbitrary collection of e-books perfectly and in completely general form, to yield a singular, consistently formatted output. Many EPUB files do not even contain all the same pieces of information in their respective metadata. EPUB file parsing functionality in this package is intended for relatively general application to arbitrary EPUB e-books. However, poorly formatted e-books or e-books with highly uncommon formatting may not work with this package. There may even be cases where an EPUB file has DRM or some other property that makes it impossible to read with epubr. Text is read as is for the most part. The only nominal changes are minor substitutions, for example curly quotes changed to straight quotes. Substantive changes are expected to be performed subsequently by the user as part of their text analysis. Additional text cleaning can be performed at the users discretion, such as with functions from packages like tm or qdap&rsquo.


      Obtaining a mapping of RefSeq ACs to Uniprot ACs - Biology

      The following external sites may use different assemblies or annotations than FlyBase.

      Please see the JBrowse view of Dmel CG17999 for information on other features

      To submit a correction to a gene model please use the Contact FlyBase form

      Gene model reviewed during 5.51

      There is only one protein coding transcript and one polypeptide associated with this gene

      Click to get a list of regulatory features (enhancers, TFBS, etc.) and gene disruptions (point mutations, indels, etc.) within or overlapping DmelCG17999 using the Feature Mapper инструмент.

      GBrowse - Visual display of RNA-Seq signals

      Моля обърнете внимание FlyBase no longer curates genomic clone accessions so this list may not be complete

      Моля обърнете внимание This section lists cDNAs and ESTs that fall within the genomic extent of the gene model, which may include cDNAs and ESTs of genes within introns, or of overlapping genes. Please see GBrowse for alignment of the cDNAs and ESTs to the gene model.

      For each fully sequenced cDNA the DGRC maintains various forms of the cDNA (e.g tagged or untagged) in several different host vectors for subsequent cloning and expression in Drosophila and Drosophila cell lines.


      Obtaining a mapping of RefSeq ACs to Uniprot ACs - Biology

      As the COVID-19 pandemic continues to spread, thousands of scientists around the globe have changed research direction to understand better how the virus works and to find out how it may be tackled. The number of manuscripts on preprint servers is soaring and peer-reviewed publications using MS-based proteomics are beginning to emerge. To facilitate proteomic research on SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19, this report presents deep-scale proteomes (10,000 proteins >130,000 peptides) of common cell line models, notably Vero E6, Calu-3, Caco-2, and ACE2-A549 that characterize their protein expression profiles including viral entry factors such as ACE2 or TMPRSS2. Using the 9 kDa protein SRP9 and the breast cancer oncogene BRCA1 as examples, we show how the proteome expression data can be used to refine the annotation of protein-coding regions of the African green monkey and the Vero cell line genomes. Monitoring changes of the proteome on viral infection revealed widespread expression changes including transcriptional regulators, protease inhibitors, and proteins involved in innate immunity. Based on a library of 98 stable-isotope labeled synthetic peptides representing 11 SARS-CoV-2 proteins, we developed PRM (parallel reaction monitoring) assays for nano-flow and micro-flow LC–MS/MS. We assessed the merits of these PRM assays using supernatants of virus-infected Vero E6 cells and challenged the assays by analyzing two diagnostic cohorts of 24 (+30) SARS-CoV-2 positive and 28 (+9) negative cases. In light of the results obtained and including recent publications or manuscripts on preprint servers, we critically discuss the merits of MS-based proteomics for SARS-CoV-2 research and testing.


      Гледай видеото: Bioinformatics practical 4 multiple sequence alignment using ClustalW (Юни 2022).


    Коментари:

    1. Moogull

      Е справедливата информация

    2. Bilagaana

      I would like to encourage you to visit the site, where there are many articles on the topic that interests you.

    3. Dai

      Thanks for the news! I was just thinking about it! By the way, Happy New Year to all of you;)

    4. Brataxe

      I recommend to you to visit a site on which there are many articles on this question.



    Напишете съобщение