Информация

Какъв е принципът на използване на DMS (диметилсулфат) за структурен анализ на рРНК?

Какъв е принципът на използване на DMS (диметилсулфат) за структурен анализ на рРНК?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Искам да проверя вторичната структура на rRNA (PTC) в определена позиция чрез използване на DMS отпечатък. Изтрих модифицирания нуклеотид (m5c), който присъства в PTC и помага за рибозомната структурна стабилност. Интересно ми е да знам след изтриването на модифицирания нуклеотид.

Използвам третирана с DMS РНК с удължаване на праймер. Не разбирам основния принцип на реакцията на DMS върху РНК. можете ли да ми обясните.

Използвах тази статия за справка:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2701642/


Ето едно добро обяснение на теорията и химията зад DMS отпечатъка, от глава 11 на Изследване на структурата на РНК в живите клетки :

In vivo химичен анализ с използване на диметилсулфат (DMS). (A) DMS метилира N1 атома на аденозините и N3 атома на цитозините. И двете от тези позиции са разположени върху лицето на Уотсън-Крик на съответните нуклеотиди. (B) Схема на структурирана РНК, взаимодействаща с протеинов лиганд, за да илюстрира остатъци, достъпни за модификация на DMS. (C) Картографиране на модифицираните позиции чрез обратна транскрипция. Ензимът прекратява удължаването поради пространствена пречка от обемната метилова група в лицето на Watson-Crick на A и Cs. (D) Пулът от сДНК се разделя върху стандартен денатуриращ гел. A и C означават лентите за последователност, които са от съществено значение за картографиране на модифицираните позиции. В допълнение, RT контрола, която се приготвя от РНК, извлечена от нетретирани клетки, е от съществено значение за определяне на всякакви естествени спирания на RT (лента -). Сравнението на RT контролната лента с кДНК пула, създаден от DMS-модифицирана РНК (лента +), разкрива места на модификация. Обърнете внимание, че лентата в резултат на модификация на DMS мигрира един нуклеотид по-бързо от съответната лента в лентата за секвениране, тъй като ddNTP е включен в зараждащата се сДНК, докато метиловата група води до спиране на един остатък преди модификацията.

Моето мнение - DMS добавя метилова група на повърхността на водородната връзка на откритите А и ° С бази. Апясък ° Сs защитени или от протеини, или от взаимодействията за сдвояване на база не метилиран. Метилираните бази инхибират обратната транскриптаза, което води до пресечен ДНК продукт, който може да се визуализира върху гел. Сравнението с нетретирана контрола позволява да се направи извод за това Апясък ° Сs от РНК последователността са изложени и които са защитени, от което може да се заключи нативната РНК конформация (или възможностите са силно ограничени).



Коментари:

  1. Ardolf

    Така или иначе.

  2. Elton

    Благодаря за подкрепата.

  3. Kagaran

    Ще се ръководя при избор само по моя вкус. Няма да има други критерии за музиката, качена тук. Нещо според мен е по-подходящо за сутрешно слушане. Нещо - за вечерта.

  4. Raulo

    I think it's the wrong way And you have to curl up from him.

  5. Chipahua

    Според мен той греши. Пишете ми в PM.

  6. Quaashie

    My seat is on the left and I have to sit there ... Hey, speaker, would you calm down and really think with your head :)

  7. Mirg

    В него има нещо. Сега всичко ми стана ясно, много благодаря за информацията.



Напишете съобщение