Информация

44: Таблица за биохимични изследвания - Биология

44: Таблица за биохимични изследвания - Биология


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

44: Таблица за биохимични тестове

Биохимичен тест и идентификация на Proteus mirabilis

Какви са биохимичните тестове и идентификацията на Proteus vulgaris?

първо и преди всичко най-много идентификации на тест за proteus spp чрез уреазен тест, PPA
Вторият биохимичен тест за индол се отклонява до p. Mirabilis от p vulgaris. Ако индол положителен_ P.vllulgaris, ако е отрицателен – P.mirabilis

мога ли да знам резултата от теста за коагулаза?

Каква е най-добрата идентификация на corynebacterium diphtheria

Серумният наклон на Loefler или агарът Tindales са селективни среди за корни. Cornye има особен вид на агара Tinsdale. След това ще направите обичайните си оцветяване с грам (грам-положителни бацили, понякога с форма на клуб), каталаза (положителен), уреазен тест (отрицателен), растежът не се поддържа върху агар на MacConkey. Алберт петно ​​за потвърждение, за да покаже зелена опашка и червеникави метахроматични гранули. Тест за ферментация на въглехидрати: малтоза-отрицателен, декстроза-положителен, нишесте-положителен, захароза-отрицателен. Положителните резултати за нишестето и отрицателните резултати за захарозата показват наличието на вид Corynebacterium diphtheriae (gravis).

какъв е медиен избор за отглеждане на Proteus mirabilis

Хранителният агар винаги е безопасен избор. MacConkey обикновено е доста приличен, особено ако искате да тествате ферментацията на лактозата. И накрая, кръвният агар винаги е наистина готин за p. mirabilis, тъй като организмът има склонност да се рои в агара (поради високата му подвижност), така че е хладно да се види.


Микробоиди

Споделянето на знания подобрява знанията. Знанието трябва да идва на възможно най-ниска цена.

  • Вземете връзка
  • Facebook
  • Twitter
  • Pinterest
  • електронна поща
  • Други приложения

Лабораторна серия № 15: Биохимични тестове за идентифициране на бактериални изолати

В по-ранни дни повечето тестове бяха правени в големи обеми, обикновено с използване на повече от 5 ml среда, което отнема повече време за получаване на видим резултат. Нека вземем примерен случай на използване на лактоза. Ако поставям E coli в 5 ml среда, съдържаща лактоза, на изолацията ще отнеме повече време, за да разгради лактозата и да даде промяна на pH, достатъчна, за да даде отчитане в сравнение със същото в 0,1 ml среден. Най-простият начин да се сведе до минимум времето за четене, за да се намали общият обем на реакцията, което е една от ключовите концепции в най-автоматизираната система, позволяваща по-бързо четене на резултатите. Фигура 1 е хипотетична графика, показваща времето, необходимо за получаване на положителен резултат при различни условия (точните подробности ще се променят в зависимост от теста и други условия).

Маса 1: Модели на хемолиза, които са
се наблюдава в кръвен агар.
В типичен сценарий хемолизата не се счита за биохимичен тест и много микробиолози биха се противопоставили да го нарекат така. В повечето случаи моделът на хемолиза в кръвния агар значително стеснява идентификацията. Има 4 вида модел на хемолиза, които могат да се видят в кръвен агар.

Трябва да се отбележи, че хемолизата зависи от участващия ензим и се наблюдават вариации за едни и същи видове в зависимост от условията. Проучване от Vancanneyt et al който тества множество щамове на E faecium намери следното. бета-хемолиза е наблюдавана както при овча, така и при човешка кръв само за 1 щам, 4 щама показват бета-хемолиза върху човешка кръв, но не и върху овча кръв, а останалите изследвани щамове не показват хемолиза в нито една среда. Разбира се, бета хемолизата не е често срещана характеристика за групата на Enterococcus.

Снимка 1: Плоча с кръвен агар. Източник
За приготвянето на кръвен агар препоръчваният реагент е овча кръв. Най-често получената овча кръв се дефибринира (с помощта на стерилни стъклени перли) и се добавя към базалната среда, за да се получи кръвен агар. Според моя опит измиването на кръвната проба с нормален физиологичен разтвор и последващото използване на измити овчи RBC дава малко по-добри резултати. Някои лаборатории също използват конска/говеда кръв без значителни отклонения в резултата.
Фиг. 1: СОД и каталазна активност.
От Учебник на Prescott 5th Ed
Искам да се отклоня малко, тъй като би било полезно. Като цяло, задължителните аероби и факултативните анаероби обикновено съдържат ензимите супероксид дисмутаза (SOD) и каталаза, които катализират унищожаването на супероксидните радикали и съответно на водородния пероксид. Повечето строги анаероби нямат и двата ензима или ги имат в много ниски концентрации и следователно не могат да понасят O 2 Има множество изключения от тези правила. Пероксидазите също могат да се използват за унищожаване на водороден пероксид. Фигура 2 е илюстрация на растежа на бактерии с различни реакции към кислорода и техните каталазни и SOD свойства.
  • Качествена каталаза
  • SQ (Полуколичествен) каталазен тест
  • 68 C (термично стабилен) каталазен тест
Снимка 2: Каталазен тест. Източник
Реактивът, използван за качествено тестване на каталаза, е 3% водороден пероксид, въпреки че е приемливо до 6%. Тестът може да се направи чрез смесване на колония с няколко капки H 2 О 2 в слайд (метод на слайд), добавяйки малка колония към епруветка, съдържаща H 2 О 2 (метод на тръбата) или добавяне на H 2 О 2 към културалната плоча/наклонено директно (Директен метод) и търси образуването на мехурчета в рамките на 10 сек. Трябва да се внимава културалната среда, от която се използва колонията, да е лишена от червени кръвни клетки и да се използват инертни материали (като пластмасова апликаторна пръчка, нихромна тел и др.) за смесване на колониите с реагента.
Снимка 3: Оксидазен тест. Източник
Тестът идентифицира наличието на цитохром с оксидаза или индофенол оксидаза. Тестът се основава на принципа на редокс (редукционно-окислителна) реакция. Редокс реакциите са с прости думи набор от реакции, които включват пренос на електрони. Това е двукомпонентна реакция, включваща окисляване, което е загуба на електрони и редукция, което е печалба на електрони. Оксидазният тест често използва реагент, тетра-метил-р-фенилендиамин дихидрохлорид, като изкуствен донор на електрони. Когато реактивът се окисли, той се променя от безцветно в тъмносиньо или лилаво съединение, индофенолово синьо.

Класически, 1% тетра-метил-р-фенилендиамин дихидрохлорид се приготвя прясно всеки ден и се импрегнира във филтърна хартия и се суши. Колониите се размазват върху хартията и се търси промяна на цвета в рамките на 10 сек. Вече са налични в търговската мрежа дискове, които съдържат N, N-диметил-р-фенилендиамин оксалат, аскорбинова киселина и α-нафтол, комбинация, която е по-стабилна, като по този начин се избягва изискването за ежедневно приготвяне.

Модифицираният оксидазен тест е специален тест, използван само за грам положителни, каталаза положителни коки. Обикновено се нарича Microdase тест. Ензимът Micrococcus oxidase не е лесно достъпен за реакция. Този проблем се преодолява чрез използването на DMSO, който прониква в клетката и позволява достъп на реагентите до ензима оксидаза.


Използване на уреазния тест

  1. Този тест се използва за диференциране на организмите въз основа на способността им да хидролизират урея с ензима уреаза.
  2. Този тест може да се използва като част от идентифицирането на няколко рода и видове Enterobacteriaceae, включително Протей, клебсиела, и няколко Йерсиния и Citrobacter видове, както и някои Corynebacterium видове.
  3. Също така е полезно да се идентифицира Криптокок spp., бруцела, Хеликобактер пилории много други бактерии, които произвеждат уреазния ензим.
  4. Директно този тест се извършва върху проби от стомашна биопсия, за да се установи наличието на H. pylori.

Въздействие на метамидофоса върху биохимичните, катаболните и генетичните характеристики на почвените микробни общности

Метамидофосът е органофосфатен пестицид с висока токсичност и може значително да повлияе на почвените микроби. Степента на този ефект обаче не е ясна. Изследвахме ефекта на ниските и високите вноски на метамидофос върху структурата на почвената микробна общност и катаболната активност и генетичното разнообразие на бактериалната общност, използвайки полифазните подходи на микробната биомаса, фосфолипидни мастни киселини (PLFAs), ниво на общността катаболни профили (CLCPs) и модели на амплифициран рибозомен ДНК рестрикционен анализ (ARDRA). Нашите резултати показват, че високите количества метамидофос значително намаляват общата въглеродна биомаса на микробите (Cмикрофон) и гъбична биомаса, но повишени Грам-отрицателни бактерии без значителни ефекти върху Грам-положителните бактерии. Интересно е, че моделите на CLCPs показаха, че високите количества метамидофос също значително подобряват катаболната активност на грам-отрицателните бактерии. Моделът ARDRA показа, че генетичното разнообразие на бактериалната общност намалява при химически стрес. Освен това, промените в изследваните микробни параметри са по-малко значими при ниски влагания, отколкото при високи нива на метамидофос, което предполага ефект на дозата на метамидофос върху микробната общност. Нашите резултати предоставят първото доказателство, че метамидофосът диференцирано повлиява компонентите на почвената микробна общност чрез инхибиране на растежа на гъбичките, но засилвайки биомасата и катаболната активност на грам-отрицателните бактерии.


Хидолиза на захароза чрез захароза

В тази лаборатория ще демонстрирате производството на ензима сукраза (инвертаза) от мая. Ензимът сукраза катализира хидролиза от дизахарида захароза до инвертна захар. Инвертната захар е смес от глюкоза и фруктоза, които са и двете монозахариди. Дрождите не могат директно да метаболизират (ферментират) захарозата. За да може дрождите да използват захарозата като енергиен източник, първо трябва да я превърнат във ферментиращите монозахариди глюкоза и фруктоза.
Решението на Бенедикт е тестов реагент, който реагира положително с прости редуциращи захари. Всички монозахариди и повечето дизахариди са такива намаляване на захарите, притежаващ свободна карбонилна група (=C=O). Захарозата е изключение, тъй като не е редуцираща захар. Положителен тест на Бенедикт се наблюдава като образуване на кафяво-червена утайка от меден оксид. По-слабият положителен тест ще бъде жълт до оранжев. И глюкозата, и фруктозата са положителни с разтвор на Benedict's, захарозата не.

*Разтвор на филтрат от дрожди
една опаковка от 7 грама активна суха мая на 80 mL дестилирана вода
Поставка за пръстен и пръстен за задържане на фуния
Филтрираща фуния
Филтърна хартия (бърза скорост)
**5% разтвор на захароза
5 грама захароза на 95 mL дестилирана вода
***5% разтвор на глюкоза (декстроза).
5 грама декстроза на 95 mL дестилирана вода
Качествено решение на Бенедикт
Дестилирана вода
Пет градуирани цилиндъра от 10 ml (по един за всеки разтвор)
7 епруветки 18 х 150 мм
Държач за епруветки
Поставка за епруветки
2 400-mL чаши
Гореща чиния

* За да приготвите разтвор на филтрат на дрожди, смесете една опаковка активна суха мая с 80 мл от дестилирана вода. Оставете да престои 20 минути, като се разбърква от време на време. Филтрува се получената суспензия и се запазва филтратният разтвор. Това е вашият екстракт от инвертаза. Охладете екстракта, ако го държите една нощ. Приблизително достатъчно за 8 лаборатории.

**За да приготвите 5% разтвор на захароза, разтворете 5 грама на захароза в 95 мл от дестилирана вода. Това трябва да се приготви малко преди употреба. Приблизително достатъчно за 4 лаборатории.

***За да приготвите 5% разтвор на глюкоза, разтворете 5 грама на декстроза (това е името, използвано, когато е суха) в 95 мл от дестилирана вода. Това трябва да се приготви малко преди употреба. Приблизително достатъчно за 9 лаборатории.

1. Маркирайте 3 епруветки A1, A2, и A3, и поставете в стойката за епруветки. Поставете в епруветките, както следва:

В тръба A2, място 10 мл 5% разтвор на захароза и 4 mL екстракт от инвертаза.

В тръба A3, място 10 мл дестилирана вода и 4 mL екстракт от инвертаза.

2. Сложете приблизително 250 мл от 30 до 35 oC вода в 400-mL чаша. Инкубирайте трите епруветки в тази топла водна баня за 35 минути.

3. Маркирайте 4 епруветки B1, B2, B3 и B4, и поставете в стойката за епруветки. Място 5 mL качествено решение на Бенедикт във всяка епруветка. Сега прехвърлете към Б тръби, както следва:

В тръба B2, прехвърлете съдържанието на епруветката A2.

В тръба B3, прехвърлете съдържанието на епруветката A3.

В тръба B4, място 10 мл 5% разтвор на глюкоза.

4. Поставете епруветките B1, B2, B3, и B4 във вряща водна баня. ВНИМАНИЕ: не оставяйте ваната да заври силно. Дръжте го само на точката на кипене. След 3 или 4 минути извадете епруветките и отбележете къде е видима промяна.


Идентификация на бактериален растеж: 3 среди

1. Наблюдавайте и записвайте морфологията на производството на колонии и пигменти в плака или епруветка с хранителен агар. Да се ​​идентифицира бактерия само по нейната колониална морфо и шилогия може да не е достатъчно. Така че трябва да се извърши набор от други подходящи тестове.

Въпреки това, производството на пигмент, ако е налице, може да даде някаква следа. Обикновено се доставя бактериален растеж със зелен пигмент върху хранителен агар. Пигментът е дифузионен в средата в случай на пигментиран Pseudomonas (фиг. 7.2), докато Staphylococcal pig­ment остава локализиран в бактериалната колония (фиг. 7.1), напр. златисто-жълт пигмент в Staph, aureus и бял пигмент в Staph, epidermidis.

В течна среда като пептонна вода може да присъства и зеленикав пигмент с образуване на повърхностни пеликули. Повърхностната пеликула (например в случаите на вибриони и бацили) показва силна аеробна природа на бактериите, тъй като близо до повърхността има повече кислород.

2. Прегледайте оцветената на Грам намазка и препарата за висящи капки.

(b) Грам-положителни коки в гроздове (стафилококи)

(c) Грам-положителни пръчици със или без спори

Резултатите се записват и таблици 7.3, B, C, G и H се следват, за да се достигне до идентичността.

Растеж върху всяка друга специална (селективна/инхибиторна/индикаторна) среда:

Всеки растеж върху специална селективна/индикаторна/инхибиторна среда трябва да бъде идентифициран чрез предприемане на следните стъпки:

1. Идентифицирайте средата и помислете за бактериите, които растат върху нея.

2. Отбележете характера на колонията и всеки индикатор за растеж за всеки специален род, например, ферментираща захароза плоска жълта колония на T.C.B.S. агар показва растежа на вибриона.

3. Извършете морфологично изследване чрез оцветяване по грам или някакво специално оцветяване (напр. оцветяване на капсули, оцветяване на спори, оцветяване по Wayson за Y. pestis и др.).

6. Отидете на биохимични изследвания.

7. Тестове за производство на ензими и токсини.

8. Откриване на антиген чрез аглутинация на предметно стъкло или подуване на капсулата с помощта на специфични серуми с висок титър (HTS).

А. Pseudomonas Aeruginosa:

Организмите произвеждат синя гной и pyocyanea буквално означава “синя гной”. Пс. aeruginosa е незначителна причина за болнична инфекция. Повечето инфекции възникват при пациенти със сериозни подлежащи заболявания като изгаряния и злокачествени заболявания или в резултат на терапевтични процедури (катетеризация, цистоскопия). Предварително лечение с антимикробни средства благоприятства pseudo­monas инфекция.

1. Кожни инфекции, особено при рани, рани под налягане и изгаряния.

2. Инфекции на пикочните пътища, обикновено след катетър и шиз или при хронични инфекции.

3. Респираторни инфекции, особено при имуносупресия и кистозна фиброза.

4. Ушни инфекции, напр. хроничен среден и външен отит.

5. Очни инфекции, обикновено придобити в болница.

6. Септицемия може да се развие при новородени и стари отслабени хора, особено при пациенти, получаващи цитотоксично лекарство или облъчване.

7. Остър некротизиращ васкулит, който води до хеморагичен инфаркт на кожата (ecthymagangrenosa) и на вътрешните органи (черен дроб и бъбреци).

Лабораторна диагностика:

Гной, тампон от рана, проба от урина, CSF, храчки или кръв в средата на потока.

На агар на MacConkey те показват бледи, плоски колонии с разпръснати граници. В агар с хранителни вещества или агар на Мюлер-Хинтон има дифузни синкави, зеленикави или червеникавокафяви пигменти и миризма на грозде и плах или на плод. Селективната среда като цетримид агар е полезна за изолиране на организма от фекалии или други проби, замърсени със смесена флора.

Идентификацията се извършва въз основа на:

1. Характерна морфология на колонията и вид на грам филм.

2. Миризма на колонията, подобна на грозде или плод.

3. Вариантите на мукоидни колонии са особено предварителни в пробите от дихателните пътища.

4. Биохимично P. aeruginosa се идентифицира с увереност въз основа на следните характеристики:

(a) Положителен оксидазен тест (Таблица 7.10).

б) Алкална реакция с тройно захарно желязо (TSI) без промяна.

(c) Яркозелени дифузионни пигменти върху Mueller-Hinton или други несъдържащи багрила агари (напр. N. агар).

Случайни щамове на P. aeruginosa произвеждат само пиовердин, което не би ги разграничило от P. fluorescens или P. putida. Тези последни видове не успяват да растат при 42°C, докато P. aeruginosa расте при 42°C.

Б. стафилококи (S.aureus):

S. aureus е важен пиогенен организъм и каре 1 показва важните заболявания, причинени от същия.

Лабораторна диагностика:

Те трябва да се събират в зависимост от естеството на лезията, гной от гнойни лезии, CSF от менингит, кръв от септицемия, храчки от респираторна инфекция и предполагаема храна, повръщане или изпражнения от хранително отравяне.

Изследването на оцветена по Грам намазка от гной и други проби показва грам-положителни коки в гроздове с някои единични и сдвоени коки.

(a) Пробите се инокулират върху кръвен агар или селективна агарна среда със 7% натриев хлорид, който инхибира растежа на повечето органи и системи, различни от стафилококи.

(b) Манитол солевият агар е селективна и диференциална среда за стафилококи. Манитолът се ферментира от S. aureus, но не и от повечето други стафилококи.

(a) Коагулазен тест: S. aureus е коагулаза положителен.

(б) Тестове за чувствителност към антибиотици, биохимични профили (биотипиране), фаготипизиране, анализ на нуклеинова киселина могат да бъдат направени за вътрешновидова идентификация и идентификация на организма за епидемиологично изследване за проследяване на източника на стафилококови инфекции.

° С. бацил:

Членовете на рода Bacillus са аеробни, носещи спори, грам-положителни бацили, подредени във верига. Спорите са прибиращи се, овални и централно разположени и диаметърът им е същият като ширината на бактериите.

Bacillus anthracis:

а) B. anthracis — причинител на антракс.

(b) B. cereus — причинява хранително отравяне.

II. Непатогенни (сапрофити):

(1) Едроклетъчни: B. megaterium, B. cereus

(2) Дребноклетъчни: B. subtilis, B. stearothermophilus

Антраксът е зооноза, хората понякога се заразяват вторично от болни животни или животински продукти.

Антраксът е от 4 клинични типа:

Спорите навлизат в кожата най-често през ожулена кожа, корички или космени фоликули и обикновено произвеждат един безболезнен мехур, често наричан ‘злокачествена пустула’.

Поглъщането на заразено месо води до тежка и често фатална форма на гастроентерит, която е много по-рядка от кожната форма.

Често се нарича „болест на сортьора на вълна“ и се причинява от вдишване на голям брой спори и обикновено е фатално. Това е рядка форма на антракс в развиващите се страни.

(4) Септицемия антракс:

Кожният чревен и белодробен антракс, ако не се лекува навреме, прогресира в септицемия и смъртта настъпва от огромна инфекция.

Проби: гной, течност, храчки или кръв зависят и зависят от вида на лезията. Пробата трябва да бъде етикетирана с “Висок риск”.

B. anthracis е капсулирана, неподвижна, голяма (5-8/1,5 μm), грам-положителна пръчица с квадратни краища. Споровите форми никога не се появяват в тъканите, а се развиват след отделяне на организма или ако се отглежда върху изкуствена среда. Спорите могат да бъдат оцветени по модифициран метод на Ziehl-Neelsen. Капсулите се образуват в тъканите, но обикновено им липсва култура.

Когато B. anthracis в кръвта на животни в термофиксиран филм се оцвети с полихромно метиленово синьо за 10-20 секунди, разпадналият се капсулен материал изглежда аморфен и пурпурен около бацилите.

B. anthracis е аеробен и факултативен анаероб, расте лесно на обикновена среда в широк диапазон от температури (25°-30°C), оптимални 35°C. Колониите са с диаметър 2-5 мм, плътни, сиво-бели, съставени са от успоредни вериги от клетки, произвеждащи вълнообразен ръб на колонията, така наречената ‘Медуза глава’ или ‘къдрава коса’ вид.

Колониите са нехемолитични или само слабо хемолитични (сапрофитните видове Bacilli са подчертано хемолитични).

Растежът обикновено не е мътен, но образува дебела пеликула на повърхността.

3. Култура на желатин:

Растежът настъпва по протежение на инокулиращата тел със странични шипове, най-широки близо до повърхността — “обърнатата ела” се появява­ance, но втечняването е късно.

Когато бяла мишка или морско свинче се инокулират интраперитонеално с малко количество ексудат или култура, животното умира за 36-48 часа. Сърдечната кръв и храчките показват B. anthracis.

Bacillus subtilis:

Той е непатогенен сапрофит и се появява като общ замърсител на проби и лабораторни среди.

Хранителният агар показва сухи, 2-3 mm сиво-бели непрозрачни колонии. В хранителния бульон има равномерна мътност.

Грам-положителни бацили с субтерминална спора.

Непатогенен за лабораторни и шираторни животни. Те също така се различават от B. anthracis по производството на β-лактамаза, която е различна от тази, произвеждана от стафилококи и са подвижни.

Среда № 2. Кръвен агар:

А. стрептокок:

Streptococcus е грам-положителен кокус, подреден във верига.

А. Хемолитична класификация:

Предварителното класифициране и шифроване на стрептококите се прави въз основа на вида на хемолизата, произведена върху плочките с кръвен агар.

(i) β-хемолитични стрептококи:

Те произвеждат широка (2-4 mm широка) ясна зона на пълна хемолиза около колонията (фиг. 7.8).

(ii) α-хемолитични стрептококи:

Те предизвикват частична хемолиза (широчина 1-2 mm) със зеленикаво оцветяване. Някои нехемолизирани червени кръвни клетки се откриват в хемолитичната зона. Алфа хемолизата се наблюдава при пневмококи и стрептококи viridans.

(iii) γ-хемолитични стрептококи:

Те не произвеждат хемолиза и Streptococcus faecalis е типичен член.

B. Серологична класификация (класификация на Lancefield и Griffith):

β-хемолитичните стрепто и шикоки са класифицирани от Lancefield (1933) серологично в редица широки групи въз основа на групово специфичен полизахариден антиген на клетъчната стена. Към днешна дата са идентифицирани 20 групи на Lancefield, номерирани A-V (без I и J) чрез реакция на утаяване с подходящи серуми. По-голямата част от човешките патогени принадлежат към група А, която също се нарича Streptococcus pyogenes.

Щамовете на стрептококите от група А се подразделят допълнително по тип специфични антисеруми на 80 серотипа на Грифит (тип 1, тип 2 и др.) според техните повърхностни протеини (M, T и R). M протеинът е най-важният тип специфичен антиген, който съществува в приблизително 80 антигенни форми, всяка от които присъства в различен серотип на S. pyogenes.

Streptococcus pyogenes:

Каре 2 показва важните лезии, произведени от различни видове стрептококи.

Лабораторна диагностика:

А. Остри гнойни инфекции:

Пробата се взема от мястото на лезията като тампон, гной или кръв в зависимост от естеството на инфекцията, като тампони, взети от гърлото, вагината или гнойни лезии на пациентите и от гърлото и носа на предполагаеми носители.

Микроскопията на намазки от гной, показващи грам-положителни сферични или овални коки във вериги или по двойки, свързани с гнойни клетки, предполага наличието на стрептококи (фиг. 7.7). Нежизнеспособните организми са грам-променливи.

Пробата трябва да се инокулира незабавно или да се изпрати в лабораторията в транспортна среда на Pike's (кръвен агар, съдържащ 1 на 1 000 000 кристално виолетово и 1 на 16 000 натриев азид). Пробата се инокулира в среда с кръвен агар и се инкубира при 37°С за една нощ. Хемолизата се развива по-добре при анаеробни условия или при 5-10% въглероден диоксид.

Агар от овча кръв е за предпочитане, тъй като човешката кръв може да съдържа инхибитори. Бактериалните колонии са малки, обикновено матови или сухи и заобиколени от β-хемолиза. Haemophilus haemolyticus произвежда колонии, наподобяващи тези на β-хемолитични стрептококи, но тяхната хемолиза се инхибира от овча кръв. Следователно първичната изолация трябва да се извърши в овчи кръвен агар.

Серологичното изследване за определяне на групата на Lancefield и тип Griffith на хемолитични стрептококи се прави, когато е необходимо за категорична класификация и за епидемиологично изследване.

Проста техника за откриване на S. pyogenes (група А) се извършва чрез тест с агарови плочи, като се използват хартиени дискове, импрегнирани с бацитрацин. S. pyogenes е по-чувствителен към бацитрацин от другите стрептококи. Селективна среда като кристално виолетов кръвен агар, който инхибира коменсалите на гърлото и може да улесни откриването на малък брой S. pyogenes в тампони от гърлото, но рядко се използват в рутинната култура.

3. Тестове за откриване на антиген:

Вече са налични търговски комплекти за тестове за ELISA и аглутинационни тестове за демонстриране на стрептококов антиген от група А от тампони от гърлото, които са 75-80% чувствителни.

Наличен е търговски комплект за тестване на проби за нуклеинова киселина за директно откриване на стрептококи от група А в тампони от гърлото.

Въпреки че се произвеждат антитела към повечето токсини и ензими от стрептококи от група А, тези антитела се появяват късно, следователно тестът за антитела не е полезен при диагностициране на остра инфекция. Те се използват по-често за диагностициране на не-гнойни усложнения.

Б. Негнойно усложнение:

Култура на тампон от гърлото или гной от кожни лезии помага за проверка на продължаващото присъствие на S. pyogenes в гърлото или импетиго. Серологичните тестове дават доказателства за скорошна стрептококова инфекция. Обикновено се открива нарастващ титър на антитела срещу стрептококови антигени от група А. Титърът на ASO от 200 единици или повече е значим при ревматична треска.

ASO титърът обикновено се открива при високи нива при респираторни заболявания и ревматична треска, но при стрептококови кожни инфекции и остър гломерулонефрит, ASO титърът обикновено е нисък и тестът за ДНКаза-B е по-надежден. Нивото на комплемента (С3) също е намалено в серума при остър постстрептококов гломерулон и шифрит.

Б. Протей, Морганела, Провиденсия:

Човешки и животински черва. Някои видове са сапрофити и се срещат в почвата, канализацията и водата.

P. mirabilis е най-важният, други видове понякога се срещат в човешки лезии.

1. Инфекция на пикочните пътища, особено след катетеризация или цистоскопия.

2. Сепсис: Инфекции на корема, рани и средно ухо. Организмите обикновено са нискокачествени патогени и често са вторични нашественици на язви, рани от налягане, изгаряния и увредени тъкани.

Лабораторна диагностика:

В зависимост от мястото на инфекция, които включват урина, гной, кръв.

Това са активно подвижни, некапсулирани, грам-отрицателни плеоморфни бацили.

Видовете Proteus растат добре на рутинни среди (хранителен агар, кръвен агар) с роев тип растеж. Това затруднява изолирането на други бактерии в смесени култури, тъй като роенето от една колония на Proteus може да покрие цялата плоча култура.

Въпреки това, роенето се инхибира в среди, съдържащи жлъчни соли, отпадни води. MacConkey агар, DCA и XLD агар. Роенето също се инхибира чрез увеличаване на концентрацията на агар (2%), хлоралхидрат (1:500) и борна киселина (1:1000) чрез включване в средата.

Безцветна, безлактозна ферментация върху агар Mac­Conkey. Протейните култури имат характерна миризма (рибена/семенна).

В смесена култура патогенът може да бъде отделен от заразената с Proteus плоча чрез субкултивиране в агар MacConkey. Роенето не се проявява от Морганела и Провиденсия.

Таблица 7.9 показва отличителните биохимични характеристики на трите рода.

1. Лактозата не се ферментира от нито един от трите рода, поради което колониите са бледи на MacConkey или DCA.

2. Всички произвеждат индол с изключение на P. mirabilis и само два члена (P. mirabilis и P. vulgaris) произвеждат H2С.

3. Всички членове произвеждат фенилаланин дезаминаза и дезаминират фенилаланин до фенилпировиноградна киселина (PPA).

4. Производството на уреаза и хидролизата на урея е друга характеристика на всички членове на групата с изключение на P. stuartii, който е уреазно-отрицателен.

Разграничаването от обикновените бледи колонии на патогени, изолирани върху среда, съдържаща лактоза, се прави чрез тестване на уреазната активност. Shigella и Salmonella не произвеждат уреаза.

Някои антигени (алкално-стабилна фракция О) на щамове на Proteus (0 x 19, 0 x K и 0 x 2) са общи за Rickettsial prowazekii и аглутинират със серуми от пациенти с рикетсиална болест. Това споделяне на антигени формира основата на реакцията на Weil-Felix (тест за хетерофилна аглутинация).

Citrobacter, Enterobacter, Serratia:

Видовете Citrobacter, Enterobacter и Serratia са грам-отрицателни подвижни пръчици и опортюнистични патогени.

Те се намират в чревния тракт на човека и животните, както и в почвата, отпадните води и водите.

Тези членове растат добре на рутинни среди като агар MacConkey, кръвен агар и агар с хранителни вещества.

Цитробактериите са късни или нелактозни ферментатори, а ентеробактериите са ферментатори на лактоза. Serratia е нелактозен ферментиращ организъм. Някои щамове Serratia произвеждат червен пигмент.

Медицински важни видове включват C. freundii, E. aerogenes, E. cloacae и S. marcescens.

1. Инфекция на пикочните пътища.

2. Рани, кожни лезии и респираторни инфекции при хоспитализирани пациенти.

3. Септицемия: Някои от тях са отговорни за излитането и прекъсването на инфекцията в детските стаи, интензивните отделения и отделенията за изгаряния. Те често са резистентни към множество лекарства.

Среда № 3. Агар на MacConKey:

I. Лактозни ферментатори:

a. Enterobacteriaceae:

Класификацията на Enterobacteriaceae е сложна и противоречива. Имаше последователни промени в номенклатурата на таксономията с изследвания на хомологията на ДНК. Дефинирани са повече от 30 рода и 120 вида или групи, около 96% от медицински значимите изолати принадлежат към 14 рода и съставляват 38 вида.

Най-старият метод за класификация на чревните бацили се основава на ферментация на лактоза и членовете, които ферментират лактозата, се наричат ​​лактозни ферментатори или колиформи.

б. Ешерихия коли:

Основният вид с медицинско значение са Esche­richia coli, които са грам-отрицателни подвижни бацили.

E. coli е нормален обитател на чревния тракт на хора и животни.

UTI, инфекция на рани, перитонит, инфекция на жлъчните пътища, септицемия, неонатален менингит.

Детски гастроентерит (EPEC), пътническа диария (ETEC), хеморагична диария и ширея (VTEC) (хеморагичен колит, хемолитично-уремичен синдром).

E. coli е важна причина за сепсис:

(а) Инфекция на пикочните пътища, включително цистит, пиелит и пиелонефрит.

(b) Инфекции на рани, апендицит, перитонит, инфекция на жлъчните пътища.

II. диария:

Въпреки че са нормална чревна флора, се разпознават четири патогенни групи на E. coli, които причиняват диария.

(a) Ентеротоксигенна E. coli (ETEC):

E. coli произвежда или един или два плазмидни медиирани ентеротоксини, топлинно лабилен ентеротоксин (LT) и термостабилен ентеротоксин (ST).

LT стимулира аденил циклазата в клетките на лигавицата на тънките черва, което от своя страна активира цикличния аденозин монофосфат (cAMP), който причинява хиперсекреция на течности и електролити в чревния лумен и предизвиква водниста диария. Обратно, изглежда, че ST активира гуанилатциклазата и причинява диария.

(b) Ентероинвазивна E. coli (EIEC):

EIEC са много по-малко патогенни от ETEC и нахлуват в лигавицата на дебелото черво и причиняват дизентерия като шигелна дизентерия във всички възрастови групи. Те са неподвижни и наподобяват щамове шигела в тяхната биохимична реакция (NLF). Важни серогрупи са O 124 и O 164.

(c) Ентеропатогенна E. coli (EPEC):

EPEC е важна причина за избухване на инфантилен гастро и шиентерит в развитите страни.

(d) Вероцитотоксигенна E. coli (VTEC):

VTEC са наречени така поради цитопатичния ефект на техните токсини върху веро-маймунските бъбречни клетки. Има два антигенно различни вероцитотоксина - VT-1 и VT-2. Най-често срещаният VTEC е серогрупа O 157, която причинява хеморагичен колит и хемолитично-уремичен синдром при деца.

Лабораторна диагностика:

В зависимост от мястото на инфекцията се събират проби, които включват урина, гной, кръв и изпражнения. В случай на диарийни заболявания може да се изследва изпражненията за откриване на токсини.

E. coli е грам-отрицателна подвижна пръчка. Няколко щама са неподвижни (по-рано наричани група Alkalescens dispar). Някои щамове E. coli са капсулирани.

Пробата се инокулира върху плочи с агар MacConkey и кръвен агар и се инкубира при 37°C за една нощ.

Колониите са с диаметър 1-4 mm, розови, кръгли, изпъкнали, гладки и обикновено невискози в агар MacConkey (фиг. 7.8).

Колониите могат да бъдат хемолитични.

Растеж в други медии:

Повечето щамове не растат или се инхибират значително в ксилоза-лизин-деоксихолат (XLD), DCA и SS агар.

IMViC реакции с Esch. coli са: Индол положителен метил червено положителен, VP отрицателен и цитрат на Симън отрицателен (IMViC ++- – ).

Изолираният организъм се потвърждава чрез тест за аглути и шинация, първо с поливалентни, а след това с индивидуални специфични O антисеруми. Идентифицирани са повече от 164 серогрупи на E. coli. Идентифицирани са Н и К антигени на много от тези серогрупи.

Бактериален брой при бактериурия:

При инфекция на пикочните пътища проба от непредена урина от средния поток се инокулира в агар на MacConkey’s и кръвен агар и се инкубира за една нощ при 37°C. Оценката на броя на организмите на ml от непредена проба от урина се прави чрез преброяване на броя на образуваните колонии.

Примката на проводника за инокулиране и щипка е направена така, че едно кръгово количество проба е равно на обем от 0,01 ml. Тъй като всяка бактериална колония представлява потомство на една бактерия, броят на колониите в плаката, когато се умножи по 100, дава бактериалния брой на ml проба. Когато бактериалният брой е 10 5 (100 000) или повече на ml урина при нелекувани случаи на UTI, това се нарича значителна бактериурия.

Когато бактериалният брой е между 10 000 до 100 000 на ml, културата може да се повтори. Броят от 10 000 или по-малко на ml се дължат на замърсяване и шиминация по време на уриниране и са незначителни. Въпреки това, бактериалният брой при UTI може да бъде по-нисък от 100 000 на ml. при определени условия, напр. когато пациентът е на антибиотична терапия и при кокови инфекции (S. aureus, S. faecalis).

Това е неподвижна, капсулирана грам-отрицателна пръчка и произвежда мукоидна колония в твърда среда.

Те са широко разпространени в природата, срещащи се както като коменсали в устата на човека и животните, горните дихателни пътища и червата, така и като сапрофити в почвата, водата и растителността.

Биохимично и антигенно Klebsiella се класифицира като:

1. K. pneumoniae — наричани още K. aero гени.

а) K. pneumoniae:

1. Инфекции на пикочните пътища, особено тези, които са придобити в болница.

2. Инфекция на дихателните пътища: Понякога причинява пневмония.

4. Менингит (особено при новородени).

5. Рядко абсцеси, ендокардит, перитонит и други лезии.

Той причинява риносклерома, хроничен грануломатозен растеж на носа и фаринкса.

Причинява озена в носната лигавица, заболяване, характеризиращо се с неприятна миризма на назален секрет и прогресираща атрофия на лигавичните меми и шибрани.

Урина, храчки, гной и инфектирана тъкан в зависимост от мястото на лезията.

Грам-отрицателни, неподвижни, капсулирани пръчици.

Големи и обикновено мукоидни колонии (поради производството на извънклетъчна слуз) върху агар MacConkey и кръвен агар. Повечето от петната произвеждат розови колонии и среда на MacConkey поради ферментация на лактоза.

Лактоза ферментатор, индол отрицателен и цитрат положителен (виж Escherichia coli). IMViC реакции са IMViC – – + + . Повечето от щамовете Klebsiella са продуценти на уреаза, но са много по-бавни и по-малко интензивни в това отношение от щамовете Proteus.

Идентифицирани са повече от 80 типа капсули. Препоръчва се идентифициране чрез реакция на потушаване.

Инфекция на пикочните пътища:

3. Proteus spp, особено P. mirabilis.

5. Понякога Enterobacter, Citrobacter, Ps. aeruginosa и Serratia.

Значителна бактериурия:

Когато бактериалният брой е 10 5 (100 000) или повече на милилитър проба от непредена урина в нелекувани случаи на UTI, това се нарича значителна бактериурия.

Стандартна калибрирана бримка с вътрешен диаметър 3 mm, която може да побере 1/300 ml урина, се използва за прехвърляне на неразредена проба от урина за инокулация в агар MacConkey и кръвен агар и след това блюдата се инкубират за една нощ.

II. Ферментатори без лактоза:

Повечето салмонели се намират в червата на животни, особено на прасета, крави, кози, овце, гризачи, кокошки, патици и други домашни птици. Те са патогенни за своите гостоприемници, а също така причиняват заболяване при човека. S. typhi и S. paratyphi се различават от другите салмонели по това, че човекът е единственият естествен гостоприемник.

Салмонелите произвеждат 3 основни типа лезии, но смесените форми са чести.

2. Паратифна треска — S. paratyphi A, B и C.

(б) Хранително отравяне (гастроентерит):

2. S. enteritidis фаза тип 4.

(c) Септицемия със или без локална гнойна лезия:

С.typhi се поглъща с конта­minated храна и вода. След това организмите преминават от тънките черва в кръвта (преходна бактерия и ширемия) през мезентериалните лимфни възли и гръдния канал. Кръвният поток се изчиства бързо от моноинуклеарна фагоцитна система в черния дроб, далака и жлъчния мехур.

От жлъчния мехур организмите нахлуват в петна на Пейер на червата, причинявайки възпаление и язви. След това бацилите преминават в кръвта, което води до бактериемия и генерализирана инфекция. Организмите се екскретират с изпражнения и урина през третата и четвъртата седмица.

Клинично заболяването обикновено протича по-леко от коремен тиф с по-кратка продължителност и инкубация. Инфекциите с S. paratyphi A и C са по-чести в тропическите страни.

S. paratyphi C: Предимно причинява септицемия и важни лезии, причинени от организма, включват образуване на абсцес, артрит и възпаление на жлъчния мехур.

3. Хранително отравяне (ентероколит):

Хранителното отравяне със салмонела се причинява от поглъщане на замърсена храна като месо, яйца и мляко със S. typhimurium и S. enteritidis. Симптомите се появяват в рамките на 10-30 часа. Щамовете с хранително отравяне също могат да причинят септицемия, възпаление на жлъчния мехур и остеит. Салмонели, причиняващи септицемия, понякога причиняват локализирани пиогенни лезии, като остеомия и шилит, менингит и дълбоки абсцеси.

Лабораторна диагностика:

Културата и изолирането на салмонели са от съществено значение за потвърждаване на диагнозата. Идентифицирането на изолата се основава на биохимични характеристики и серология. Оптималният екземпляр за култивиране варира в зависимост от представянето и отглеждането.

(a) В класически случай на салмонела гастроентерит фекалната проба е най-добра. Полезни са и повръщането на пациентите и съмнителните храни.

(b) При съмнение за чревна треска, хемокултурата или аспирацията от костен мозък най-вероятно ще дадат положителни резултати. По-късно, при засягане на червата и бъбреците, е показана култура на изпражнения и урина.

Пробите за изследване на различни етапи на чревна треска и процентът на положителност са показани на Фиг. 7.9 и Таблица 7.11. Общата кръвна картина при ентерична треска може да покаже левкопения (брой на левкоцитите, 2000-2500 cumm) с относителна лимфоцитоза.

Изолация на организма:

Преди започване на лечението трябва да се вземат проби от кръв или костен мозък от изпражнения при чревна треска, повръщане или предполагаема храна при гастроентерит. Тъй като има преходна бактериемия, в кръвта има малък брой организми. Необходима е повторна култура с по-голям обем (5-10 ml) кръв. Кръвната култура е положителна при 80-90% пациенти през първата седмица и до 10 дни на треска.

Шансовете за положителна култура прогресивно намаляват с увеличаване на продължителността на заболяването (фиг. 7.9). Кръвната култура също дава положителен резултат по време на рецидиви. Културата на материал от костен мозък е толкова надеждна, колкото и кръвната култура и дава положителен резултат 1 до 2 дни след започване на терапията с хлорамфеникол.

Обем от 5 до 10 ml кръв, събрана асептично чрез венепункция, се прехвърля директно в бутилка за кръвна култура, съдържаща 50 до 100 ml 0,5% глюкозен бульон или 0,5% жлъчен бульон. Въпреки че хемокултурата в жлъчен бульон (селективна среда за салмонели) е най-идеална за салмонели, но на практика повечето лаборатории използват глюкозен бульон за хемокултура, тъй като всички микроорганизми, включително салмонели, растат в средата.

По-голям обем среда спомага за разреждането на антибактериалните вещества, присъстващи в кръвта. В средата може да се добави течност (натриев полианетол сулфонат), която противодейства на бактерицидното действие на кръвта.

Алтернативно, 5 ml венозна кръв, събрана асептично, се оставя да се съсирва в стерилен универсален контейнер с винтова капачка. След отстраняване на серума, 15 ml жлъчна сол стрептокиназа бульон стрептокиназа, 100 единици на ml) се добавя асептично към всяка бутилка.

Стрептокиназата усвоява съсирека, причинявайки неговия лизис и по този начин бактериите се освобождават от съсирека. Отделеният серум се използва за Widal тест. Културата на съсиреци предлага по-висока степен на изолиране от хемокултурата, тъй като бактерицидната активност на серума се избягва при техниката.

След инкубиране една нощ при 37°С, субкултивирането се извършва върху агар MacConkey или DCA. Субкултивирането се извършва икономично чрез разпръскване на примка с бульон върху сектор от твърда среда, една четвърт от 8,5 см паничка на Петри и инкубиране за 24-48 часа. Появяват се безцветни колонии (NLF). Културите могат да бъдат изхвърлени като отрицателни след 10 дни.

Тъй като растежът може да се забави, а също и за да се елиминира рискът от внасяне на замърсяване по време на многократни субкултури, може да се приеме методът на Кастанеда за хемокултура, който осигурява както течна (бульон за чернодробна инфузия), така и твърда среда (3% хранителен агар наклон) в едно бутилка. Това е двуфазна среда, бульонът има агаров наклон от едната страна.

2. Култура на изпражнения и урина:

Културата на изпражненията и урината винаги са положителни през 3-та и 4-та седмица на чревна треска. За положителен резултат са необходими многократни култури. Културата на изпражненията се прави главно за откриване на носители.

3. Дуоденален сок или жлъчна култура:

Жлъчката се култивира за откриване на хронични носители, при които организмите присъстват в жлъчните пътища.

В агар на MacConkey’s или DCA, салмонелите растат като ферментатори без лактоза, които са допълнително изследвани чрез оцветяване на Gram, подготовка за подвижност и биохимични реакции в различни захарни среди. Субкултурата от колониите се прави в хранителен агар, който да се използва за тест за аглутинация.

Тест за аглутинация на слайда:

Примка от изолиран орга и шинизъм (неизвестна култура) от колонията в агар се емулгира в капка физиологичен разтвор върху микроскопско предметно стъкло, без да се разпространява капката. Емулсията трябва да е абсолютно гладка и със средна непрозрачност. Добавя се една малка бримка специфичен антисерум и след това се смесва чрез накланяне на предметното стъкло.

По същия начин се приготвя контрола на бактериална суспензия в нормален физиологичен разтвор на друго предметно стъкло и към което не се добавя специфичен серум. Натрупването на бактерии в тестовото предметно стъкло се случва в рамките на няколко минути, ако реакцията антиген-антитяло е специфична. Контролната физиологична емулсия на бактериите не показва никаква промяна.

Биохимично положителните щамове (Каре 3) първо се тестват с поливалентен O серум, който реагира със щамове на салмонела от групи от A до G, при условие че аглутинацията не е блокирана от Vi антиген, което може да се провери чрез тестване на всички отрицателни щамове с помощта на S. typhi Vi серум . Положителните резултати с поливалентен O серум показват щам Salmonella.

В следващия етап щамът се тества със серуми, приготвени срещу О антигени на отделните групи на салмонела. Следват най-полезните серуми, които реагират с фактор 2, група А фактори 4 и 5, група В с 6 и 7, група С1 с 8, група С2 с 9, група D и с 3, 10, 15 и 19, група Е.

Когато щамът е положителен с индивидуален salmo­nella O серум и биохимично това обикновено е S. typhi, щамът се тества срещу S. typhi O серум, фактор 9. Бързото аглутиниране показва, че микроорганизмът принадлежи към Salmonella група D. Идентичността му е установена като S. typhi чрез аглутинация със салмонела Н специфичен серум, който реагира с флагеларен антиген d.

При нетифна салмонела, щамът се тества за аглутинация с O и H серуми за групи A, B и C. Когато се срещнат необичайни серотипове, същото трябва да се насочи към Националния референтен център за салмонела (Централен изследователски институт, Kasauli, за човешки щам и Индийски ветеринарен изследователски институт, Izatnagar, за салмо и шинела от животински произход).

Методите за подтипиране често се използват за общите серотипове (S. typhi, S. typhimurium и S. enteritidis), които включват фаготипизиране, биотипизиране и по-скоро въведени методи за генотипиране (плазмиден пръстов отпечатък). Тези техники се използват в CDC за подтипиране в рамките на серотипове на Salmonella.

Това е тест за аглутинация, който открива наличието на серумни аглутинини (H и O) в серума на пациента с коремен тиф и паратиф. Антитялото срещу салмонела започва да се появява в серума в края на първата седмица и се повишава рязко през 3-тата седмица на чревната треска.

За предпочитане е да се тестват две проби серуми на интервал от 7 до 10 дни, за да се демонстрира нарастващ титър на антителата. Реконвалесцентните серуми от случаи на гастроентерит на салмонела често аглутинират суспензия на причинния серотип, което помага при ретроспективна диагноза.

В теста на Widal първоначално са използвани два типа епруветки: (i) епруветка на Дрейер (тясна тръба с конично дъно) за Н аглутинация и (ii) епруветка на Феликс (къса епруветка с кръгло дъно) за О аглутинация и шиниране. В днешно време за двата вида аглутинация се използват 3 х 0,5 ml епруветки на Кан.

Серийно двукратно разреждане на серума на пациента в нормален физиологичен разтвор (1:20, 1:40 и така нататък до 1280 или повече) се приготвя в 8 малки (3 x 0,5 ml) епруветки за всяка серия 7 за серумни разреждания и 8-ми за несерумен контрол.

Към разредения серум и контролния физиологичен разтвор се добавя равен обем (0,4 cc) антигенни суспензии (TH, TO, AH и BH) и се смесват добре чрез разклащане на решетката и след това смесите се инкубират при 37°C в продължение на 4 часа и се отчитат след охлаждане за една нощ при 4°C. Някои работници препоръчват инкубиране във водна баня при 37°C за една нощ.

Разхлабени и памучни бучки се образуват при Н аглутинация и дискообразен гранулиран налеп при О аглутинация на дъното на епруветката. Контролната тръба показва компактен депозит. Разреждането Maxi­mum на серума, при което настъпва аглутинация, показва титъра на антителата.

Рутинно използвани антигени са H и O на S. typhi, H на S. paratyphi A и B. Тъй като паратифоидният O антиген реагира кръстосано с тифоидния O антиген поради споделянето на фактор 12 от тях, паратифоидните O антигени не се използват.

Приготвяне на Widal антиген:

H суспензия от бактерии се приготвя чрез добавяне на 0,1% формалин към 24-часова бульонна култура или физиологична суспензия на агарова култура. За приготвяне на O суспензия от бактерии, организмите се култивират върху фенол агар (1:800). Използват се стандартни гладки щамове на организма S. typhi 901, за целта се използват щамове О и Н.

Интерпретация на теста на Widal:

1. Аглутининът започва да се появява в серума до края на 1-та седмица с рязко повишаване на 2-рата и 3-та седмица и титърът остава стабилен до 4-тата седмица, след което намалява.

Демонстрация на нарастващ титър от четири или повече пъти на Н и О аглутинини на интервал от 4 до 7 дни е най-важният диагностичен критерий.

3. При единичен тест титър от 100 O или повече и титър от 200 H аглутинини означава наличие на активна инфекция, но това трябва да се тълкува, като се вземат предвид следните фактори:

Поради субклинична инфекция на салмонелоза в ендемичен район, в серума на нормални индивиди присъства нисък титър на aglu­tinins, което може да предизвика положителна реакция. Това е известно като локален титър. Местният титър е до 80 в Колката и 60 в Силигури.

При имунизация с TAB ваксина, ваксинираните индивиди могат да покажат високи титри на антитяло (титър H антитяло 160 или повече) към всяка от салмонелите.

(iii) анамнестична реакция:

Хората, които са имали минала чревна инфекция или които са били ваксинирани, могат да развият преходна треска като малария, грип и др.

(iv) Неспецифичните антигени (например фимбриален антиген) могат да дадат фалшиво положителен резултат.

(v) Антибиотично лечение:

Когато лечението с хлорамфеникол започне преди появата на аглутинини, е малко вероятно те да се появят впоследствие и ако антитялото вече е налице, не се очаква по-нататъшно повишаване на титъра.

Тестовете на Widal могат да бъдат отрицателни при много здрави носители и някои трябва да бъдат открити чрез Vi аглутинационен тест.

2. Други серологични изследвания:

ELISA е чувствителен метод за измерване на антитяло срещу липополизахарид на Salmonellae, титърът на IgM антитялото съответства сравнително добре с титъра на Widal O. ELISA във формат на мембрана с вертикален поток (Typhi-DOT) открива Vi Ag в кръв/серум в ранен стадий на заболяването.

Видовете Shigella са изключително паразити на хора и други примати и причиняват бациларна дизентерия при човека.

Шигелите са грам-отрицателни неподвижни бацили. Антигенно, шигелите са разделени на четири групи (A, B, C, D) въз основа на специфичността на O антигена. Тези групи се диференцират чрез комбинация от биохимични реакции и антигенна структура. Реакциите на манитол ферментация са важни, група А е манитол отрицателна, а останалите са манитол положителни.

Видовете Shigella причиняват бациларна дизентерия (shi­gellosis). Инфекцията се предава по фекално-орален път. S. dysenteriae тип 1 (S. shiga) произвежда екзотоксини, които причиняват най-тежката форма на заболяването. S. flexneri и S. boydii причиняват по-малко тежка дизентерия и са разпространени в тропическите страни, включително Индия. S. sonnei е причина за повечето дизентерии във Великобритания.

Организмите се поемат от епителните клетки на дисталните части на дебелото черво с некроза на повърхностните епителни клетки, което води до остро възпаление в lamina propria и субмукозата. Некротичният епител се лющи, образувайки повърхностни язви, което води до кървене на лигавицата.

Лабораторна диагностика:

За да се потвърди диагнозата, шигелата трябва да бъде изолирана в чиста култура от подходяща проба. Пробите включват пресни изпражнения, лигавични люспи и ректални тампони.

А. Микроскопско изследване на изпражненията:

Приготвянето на покривен фиш във физиологичен разтвор и йод показва голям брой гнойни клетки (неутрофили) с дегенерирани ядра, червени кръвни клетки и макрофаги. Изключено е наличието на протозои, кисти или яйцеклетки от хелминти. Нормалната бактериална флора е значително намалена. Техниката на флуоресцентните антитела е от известна помощ за бърза диагностика на случай, но обикновено не се практикува.

Б. Бактериологично изследване:

MacConkey’s агар, DCA, S-S агар, селенит F бульон.

Примка от материал се инокулира върху селективни среди като агар на MacConkey’s или SS агарна среда.

Селенит-F бульон (0,4%) се използва като обогатителна и транспортна среда, която позволява бърз растеж на чревни патогени, като временно (за 9-12 часа) инхибира растежа на E. coli. Организмите от селенит-F бульон се субкултивират в агар на MacConkey’s след 24 часа инкубация при 37°С.

Безцветни колонии се появяват върху агарова среда на MacConkey’ след 12 до 18 часа инкубация, която допълнително се тества чрез изследване на намазка, подготовка за подвижност и биохимични реакции. Шигелите са грам-отрицателни неподвижни бацили.

II. Биохимични реакции:

Уреаза, цитрат, H2S и KCN отрицателният индол и M R положителен Грам-отрицателен неспориращ бацил предполага щам шигела (фиг. 7.10). S. sonnei е късен ферментатор на лактоза.

III. Тест за аглутинация на слайда:

Извършва се чрез използване на поливалентни антисеруми от три групи (A, B и C) от шигела и антисерум от група D (S. sonnei), един по един срещу изолата. Използват се моновалентни антисеруми за групата, за която е настъпила аглутинация с поливалентни антисеруми. След това за тест за аглутинация се използва тип специфични антисеруми за щамове, принадлежащи към група А, В или С.

Понякога може да не настъпи аглутинация поради маскиране на О антиген от К антиген, който може да бъде отстранен чрез кипене на бактериалната суспензия при 100°C в продължение на 60 минути.

Прави се за щамове от група D.

V. Може да се направи тест на Sereny, за да се потвърди инвазивността на изолирания щам на шигела, въпреки че рядко се практикува.


Препратки

Палсон, Б. Ø. Системна биология: Реконструкция и анализ на базата на ограничения (Cambridge University Press, Кеймбридж, 2015).

O’Brien, E. J., Monk, J. M. & amp Palsson, B. O. Използване на модели в мащаб на генома за прогнозиране на биологични способности. клетка 161, 971–987 (2015).

Becker, S.A. et al. Количествено прогнозиране на клетъчния метаболизъм с модели, базирани на ограничения: COBRA Toolbox. Нац. протокол. 2, 727–738 (2007).

Schellenberger, J. et al. Количествено прогнозиране на клетъчния метаболизъм с модели, базирани на ограничения: COBRA Toolbox v2.0. Нац. протокол. 6, 1290–1307 (2011).

Lewis, N. E., Nagarajan, H. & Palsson, B.O. Ограничаване на връзката между метаболитния генотип-фенотип, използвайки филогенеза на in silico методи. Нац. Rev. Microbiol. 10, 291–305 (2012).

Thiele, I. & Palsson, B. Ø. Протокол за генериране на висококачествена метаболитна реконструкция в мащаб на генома. Нац. протокол. 5, 93–121 (2010).

Kitano, H., Ghosh, S. & Matsuoka, Y. Социално инженерство за виртуална „голяма наука“ в системната биология. Нац. Chem. Biol. 7, 323–326 (2011).

Bordbar, A., Monk, J. M., King, Z. A. & amp Palsson, B. O. Модели, базирани на ограничения, предсказват метаболитни и свързани клетъчни функции. Нац. Преподобният Жене. 15, 107–120 (2014).

Maia, P., Rocha, M. & Rocha, I. In silico базирани на ограничения методи за оптимизация на деформациите: търсенето на оптимални клетъчни фабрики. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 80, 45–67 (2016).

Hefzi, H. et al. Консенсусна реконструкция в мащаб на генома на метаболизма на яйчниците на китайски хамстер. клетъчна система 3, 434–443.e8 (2016).

Yusufi, F.N.K. et al. Биотехнологията на системите на бозайници разкрива глобални клетъчни адаптации в рекомбинантна CHO клетъчна линия. клетъчна система 4, 530–542.e6 (2017).

Zhuang, K. et al. Геномно динамично моделиране на конкуренцията между Родоферакс и Geobacter в аноксидни подпочвени среди. ISME Дж 5, 305–316 (2011).

Джамшиди, Н. и Палсон, Б. Ø. Системна биология на човешките червени кръвни клетки. Кръвни клетки Mol. Dis. 36, 239–247 (2006).

Yizhak, K., Gabay, O., Cohen, H. & Ruppin, E. Идентифициране на базата на модел на мишени на лекарства, които връщат нарушения метаболизъм и неговото приложение към стареенето. Нац. комун. 4, 2632 (2013).

Шломи, Т., Кабили, М. Н. и Рупин, Е. Предсказване на метаболитни биомаркери на човешки вродени грешки на метаболизма. Mol. Syst. Biol. 5, 263 (2009).

Sahoo, S., Franzson, L., Jonsson, J. J. & amp Thiele, I. Сборник от вродени грешки на метаболизма, картографирани в човешката метаболитна мрежа. Mol. Biosyst. 8, 2545–2558 (2012).

Thiele, I. et al. Глобална реконструкция на човешкия метаболизъм, ръководена от общността. Нац. Биотехнология. 31, 419–425 (2013).

Pagliarini, R. & di Bernardo, D. Подход за моделиране в мащаб на генома за изследване на вродени грешки на чернодробния метаболизъм: към пациент in silico. J. Компютър. Biol. 20, 383–397 (2013).

Shaked, I., Oberhardt, M.A., Atias, N., Sharan, R. & Ruppin, E. Метаболитна мрежа за прогнозиране на странични ефекти на лекарството. клетъчна система 2, 209–213 (2016).

Chang, R. L., Xie, L., Xie, L., Bourne, P. E. & amp Palsson, B. Лекарствени ефекти извън целта, прогнозирани с помощта на структурен анализ в контекста на модел на метаболитна мрежа. PLoS компютър. Biol. 6, e1000938 (2010).

Кел, Д. Б. Системна биология, метаболитно моделиране и метаболомика в откриването и разработването на лекарства. Наркотикът Discov. днес 11, 1085–1092 (2006).

Duarte, N.C. et al. Глобална реконструкция на човешката метаболитна мрежа въз основа на геномни и библиомични данни. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 104, 1777–1782 (2007).

Swainston, N. et al. Recon 2.2: от реконструкция до модел на човешкия метаболизъм. Метаболомика 12, 109 (2016).

Pornputtapong, N., Nookaew, I. & amp Nielsen, J. Human metabolic atlas: онлайн ресурс за човешки метаболизъм. База данни 2015, bav068 (2015).

Zielinski, D.C. et al. Анализ на системната биология на двигателите, лежащи в основата на метаболизма на раковите клетки. Sci. представител 7, 41241 (2017).

Mardinoglu, A. et al. Метаболитното моделиране на хепатоцити в геномен мащаб разкрива дефицит на серин при пациенти с неалкохолно мастно чернодробно заболяване. Нац. комун. 5, 3083 (2014).

Karlstädt, A. et al. CardioNet: човешка метаболитна мрежа, подходяща за изследване на метаболизма на кардиомиоцитите. BMC Syst. Biol. 6, 114 (2012).

Gille, C. et al. HepatoNet1: цялостна метаболитна реконструкция на човешки хепатоцит за анализ на физиологията на черния дроб. Mol. Syst. Biol. 6, 411 (2010).

Martins Conde Pdo, R., Sauter, T. & Pfau, T. Многоклетъчно моделиране, базирано на ограничения. Отпред. Mol. Biosci. 3, 3 (2016).

Bordbar, A. et al. Метаболитна мрежа от мултитъканен тип геном за анализ на физиологията на системите на цялото тяло. BMC Syst. Biol. 5, 180 (2011).

Yizhak, K. et al. Базираното на фенотип клетъчно-специфично метаболитно моделиране разкрива метаболитните пасиви на рака. Елайф 3, e03641 (2014).

Mardinoglu, A. et al. Интегриране на клинични данни с метаболитен модел на човешкия адипоцит в геномен мащаб. Mol. Syst. Biol. 9, 649 (2013).

Bordbar, A. et al. Персонализирани кинетични модели на метаболизма на цели клетки за откриване в геномиката и фармакодинамиката. клетъчна система 1, 283–292 (2015).

Shoaie, S. et al. Количествено определяне на метаболитни промени на човешкия чревен микробиом, предизвикани от диета. Клетъчен метаб. 22, 320–331 (2015).

Nogiec, C. D. & amp Kasif, S. За допълване или не за допълване: рамка за метаболитна мрежа за човешки хранителни добавки. PLOS ONE 8, e68751 (2013).

Heinken, A., Sahoo, S., Fleming, R. M. T. & amp Thiele, I. Характеризиране на системно ниво на метаболитна симбиоза гостоприемник-микроб в червата на бозайници. Чревни микроби 4, 28–40 (2013).

Heinken, A. et al. Функционална метаболитна карта на Faecalibacterium prausnitzii, полезен човешки чревен микроб. J. Бактериол. 196, 3289–3302 (2014).

Magnúsdóttir, S. et al. Генериране на метаболитни реконструкции в мащаб на генома за 773 члена на човешката чревна микробиота. Нац. Биотехнология. 35, 81–89 (2017).

Lakshmanan, M., Koh, G., Chung, B.K.S. & Lee, D.-Y. Софтуерни приложения за анализ на баланса на потока. Кратка биоинформация. 15, 108–122 (2014).

Ebrahim, A., Lerman, J. A., Palsson, B. O. & Hyduke, D. R. COBRApy: базирана на ограничения реконструкция и анализ за Python. BMC Syst. Biol. 7, 74 (2013).

Arkin, A.P. et al. База от знания по биология на Министерството на енергийните системи на Съединените щати. Нац. Биотехнология. 36, 566–569 (2018).

Heirendt, L., Thiele, I. & Fleming, R.M.T. DistributedFBA.jl: анализ на баланса на потока на високо ниво с висока производителност в Julia. Биоинформатика 33, 1421–1423 (2017).

Latendresse, M., Krummenacker, M., Trupp, M. & Karp, P.D. Изграждане и завършване на модели на баланс на потока от бази данни за пътеки. Биоинформатика 28, 388–396 (2012).

Karp, P.D. et al. Актуализация на Pathway Tools версия 19.0: софтуер за информатика на пътя/генома и системна биология. Кратка биоинформация. 17, 877–890 (2016).

Sandve, G. K., Nekrutenko, A., Taylor, J. & Hovig, E. Десет прости правила за възпроизводимо изчислително изследване. PLoS компютър. Biol. 9, e1003285 (2013).

Ince, D. C., Hatton, L. & Graham-Cumming, J. Случаят за отворени компютърни програми. природата 482, 485–488 (2012).

Gevorgyan, A., Bushell, M.E., Avignone-Rossa, C. & Kierzek, A.M. SurreyFBA: инструмент за команден ред и графичен потребителски интерфейс за базирано на ограничения моделиране на мрежи за метаболитни реакции в геномен мащаб. Биоинформатика 27, 433–434 (2011).

Thorleifsson, S. G. & amp Thiele, I. rBioNet: разширение на COBRA инструментариум за реконструкция на висококачествени биохимични мрежи. Биоинформатика 27, 2009–2010 (2011).

Sauls, J. T. & amp Buescher, J. M. Асимилиране на метаболитни реконструкции в мащаб на генома с modelBorgifier. Биоинформатика 30, 1036–1038 (2014).

Noronha, A. et al. ReconMap: интерактивна визуализация на човешкия метаболизъм. Биоинформатика 33, 605–607 (2017).

Gawron, P. et al. MINERVA—платформа за визуализация и куриране на мрежи за молекулярно взаимодействие. npj Syst. Biol. Прилож. 2, 16020 (2016).

Olivier, B. G., Rohwer, J. M. & Hofmeyr, J.-H. S. Моделиране на клетъчни системи с PySCeS. Биоинформатика 21, 560–561 (2005).

Gelius-Dietrich, G., Desouki, A.A., Fritzemeier, C.J. & Lercher, M.J. Sybil—ефективно базирано на ограничения моделиране в R. BMC Syst. Biol. 7, 125 (2013).

Ma, D. et al. Надеждно и ефективно решение на геномни модели на метаболизъм и макромолекулна експресия. Sci. представител 7, 40863 (2017).

Klamt, S., Saez-Rodriguez, J. & amp Gilles, E.D. Структурен и функционален анализ на клетъчни мрежи с CellNetAnalyzer. BMC Syst. Biol. 1, 2 (2007).

Klamt, S. & von Kamp, A. Интерфейс за програмиране на приложения за CellNetAnalyzer. Биосистеми 105, 162–168 (2011).

Apaolaza, I. et al. Подход in-silico за прогнозиране и използване на синтетична смъртност в метаболизма на рака. Нац. комун. 8, 459 (2017).

Маранас, C.D. и Zomorrodi, A.R. Методи за оптимизация в метаболитни мрежи (Уайли, Ню Йорк, 2016 г.).

Chowdhury, A., Zomorrodi, A. R. & amp Maranas, C. D. Техники за оптимизация на две нива в изчислителното проектиране на деформации. Комп. Chem. инж. 72, 363–372 (2015).

Thiele, I. et al. Многомащабно моделиране на метаболизма и макромолекулния синтез в Е. coli и неговото приложение към еволюцията на използването на кодони. PLOS ONE 7, e45635 (2012).

Feist, A.M. et al. Геномна метаболитна реконструкция за Ешерихия коли K-12 MG1655, който отчита 1260 ORF и термодинамична информация. Mol. Syst. Biol. 3, 121 (2007).

Thiele, I., Jamshidi, N., Fleming, R. M. T. & amp Palsson, B. Ø. Реконструкция в мащаб на генома на Ешерихия колиТранскрипционната и транслационната машина на: база от знания, нейната математическа формулировка и нейната функционална характеристика. PLoS компютър. Biol. 5, e1000312 (2009).

Yang, L. et al. Дефиницията на системната биология на основния протеом на метаболизма и експресията е в съответствие с данни с висока производителност. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 112, 10810–10815 (2015).

Bornstein, B. J., Keating, S. M., Jouraku, A. & Hucka, M. LibSBML: API библиотека за SBML. Биоинформатика 24, 880–881 (2008).

Aurich, M. K., Fleming, R. M. T. & amp Thiele, I. MetaboTools: изчерпателен набор от инструменти за анализ на метаболитни модели в геномен мащаб. Отпред. физиол. 7, 327 (2016).

Brunk, E. et al. Recon 3D: ресурс, позволяващ триизмерен изглед на генните вариации в човешкия метаболизъм. Нац. Биотехнология. 36, 272–281 (2018).

Ma, D. & Saunders, M.A. Решаване на многомащабни линейни програми с помощта на симплексния метод с четворна точност. в Числен анализ и оптимизация, том 134 (ред. Al-Baali, M., Grandinetti, L. & Purnama, A.) 223–235 (Springer International Publishing, Cham, Switzerland, 2015).

Fleming, R. M. T. & amp Thiele, I. Масово запазената елементарна кинетика е достатъчна за съществуването на неравновесна концентрация в стационарно състояние. J. Theor. Biol. 314, 173–181 (2012).

Gevorgyan, A., Poolman, M. G. & amp Fell, D. A. Откриване на стехиометрични несъответствия в биомолекулни модели. Биоинформатика 24, 2245–2251 (2008).

Orth, J. D., Thiele, I. & amp Palsson, B. Ø. Какво представлява анализът на баланса на потока? Нац. Биотехнология. 28, 245–248 (2010).

Feist, A.M. & Palsson, B.O. Целевата функция на биомасата. Curr. Opin. Microbiol. 13, 344–349 (2010).

Meléndez-Hevia, E. & Isidoro, A. Играта на цикъла на пентозофосфата. J. Theor. Biol. 117, 251–263 (1985).

Орт, Дж. Д. и Палсон, Б. Ø. Систематизиране на генерирането на липсващи метаболитни знания. Биотехнология. Bioeng. 107, 403–412 (2010).

Yamada, T. et al. Прогнозиране и идентифициране на последователности, кодиращи ензими сираци, използвайки геномни и метагеномни съседи. Mol. Syst. Biol. 8, 581 (2012).

Liberal, R. & Pinney, J. W. Простите топологични свойства предсказват функционални погрешни нотации в метаболитна мрежа. Биоинформатика 29, i154–i161 (2013).

Reed, J. L. et al. Системен подход за прецизиране на анотацията на генома. Proc. Natl. Акад. Sci. САЩ 103, 17480–17484 (2006).

Orth, J. D. & amp Palsson, B. Анализ за запълване на празнини на iJO1366 Ешерихия коли реконструкция на метаболитна мрежа за откриване на метаболитни функции. BMC Syst. Biol. 6, 30 (2012).

Chang, R.L. et al. Реконструкция на метаболитна мрежа на Chlamydomonas предлага поглед върху метаболизма на водораслите, задвижван от светлина. Mol. Syst. Biol. 7, 518 (2011).

Ролфсон, О., Палсон, Б. Ø. & Thiele, I. Човешката метаболитна реконструкция Recon 1 насочва хипотези за нови човешки метаболитни функции. BMC Syst. Biol. 5, 155 (2011).

Rolfsson, Ó., Paglia, G., Magnusdóttir, M., Palsson, B. Ø. & Thiele, I. Изводът за метаболизма на човешките сираци метаболити от контекста на тяхната метаболитна мрежа потвърждава активността на човешката глюконокиназа. Biochem. Дж. 449, 427–435 (2013).

Satish Kumar, V., Dasika, M. S. & amp Maranas, C. D. Автоматизирано лечение на метаболитни реконструкции, базирано на оптимизацията. BMC Биоинформатика 8, 212 (2007).

Thiele, I., Vlassis, N. & Fleming, R.M.T. fastGapFill: ефективно запълване на празнини в метаболитни мрежи. Биоинформатика 30, 2529–2531 (2014).

Willemsen, A.M. et al. MetDFBA: включване на измервания на метаболомиката с разделителна способност във времето в анализа на динамичния баланс на потока. Mol. Biosyst. 11, 137–145 (2014).

Kleessen, S., Irgang, S., Klie, S., Giavalisco, P. & amp Nikoloski, Z. Интегрирането на транскриптомични и метаболомични данни определя метаболитния отговор на Chlamydomonas за лечение с рапамицин. Растението Дж. 81, 822–835 (2015).

Bordbar, A. et al. Изясняване на динамичната метаболитна физиология чрез мрежова интеграция на количествена метаболомика във времето. Sci. представител 7, 46249 (2017).

Blazier, A. S. & amp Papin, J. A. Интегриране на експресионни данни в реконструкции на метаболитна мрежа в геномен мащаб. Отпред. Физиол. 3, 299 (2012).

Opdam, S. et al. Систематична оценка на методите за приспособяване на метаболитни модели в геномен мащаб. клетъчна система 4, 318–329.e6 (2017).

Estévez, S. R. & amp Nikoloski, Z. Обобщена рамка за методи за извличане на специфични за контекста метаболитен модел. Отпред. Plant Sci. 5, 491 (2014).

Vlassis, N., Pacheco, M. P. & Sauter, T. Бърза реконструкция на компактни контекстно-специфични метаболитни мрежови модели. PLoS компютър. Biol. 10, e1003424 (2014).

Becker, S.A. & Palsson, B.O. Контекстно-специфичните метаболитни мрежи са в съответствие с експериментите. PLoS компютър. Biol. 4, e1000082 (2008).

Zur, H., Ruppin, E. & Shlomi, T. iMAT: интегративен инструмент за метаболитен анализ. Биоинформатика 26, 3140–3142 (2010).

Agren, R. et al. Реконструкция на активни метаболитни мрежи в мащаб на генома за 69 типа човешки клетки и 16 вида рак, използвайки INIT. PLoS Comp. Biol. 8, e1002518 (2012).

Jerby, L., Shlomi, T. & Ruppin, E. Изчислителна реконструкция на тъканно-специфични метаболитни модели: приложение към метаболизма на човешкия черен дроб. Mol. Syst. Biol. 6, 401 (2010).

Wang, Y., Eddy, J. A. & amp Price, N. D. Реконструкция на метаболитни модели в геномен мащаб за 126 човешки тъкани с помощта на mCADRE. BMC Syst. Biol. 6, 153 (2012).

Kuhar, MJ Относно използването на протеиновия оборот и полуживота. Невропсихофармакология 34, 1172–1173 (2008).

Лайта, А. и Силвестър, В. Наръчник по неврохимия и молекулярна невробиология (Springer, Бостън, 2008 г.).

Schuster, S. & amp Hilgetag, C. За елементарните режими на поток в биохимични реакционни системи в стационарно състояние. J. Biol. Syst. 02, 165–182 (1994).

Шилинг, C.H., Letscher, D. & Palsson, B. Ø. Теория за системната дефиниция на метаболитните пътища и тяхното използване при интерпретиране на метаболитната функция от гледна точка, ориентирана към пътя. J. Theor. Biol. 203, 229–248 (2000).

Klamt, S. et al. От елементарни режими на потока към елементарни вектори на потока: анализ на метаболитния път с произволни линейни ограничения на потока. PLoS компютър. Biol. 13, e1005409 (2017).

Bordbar, A. et al. Минималната структура на метаболитния път е в съответствие със свързаните биомолекулни взаимодействия. Mol. Syst. Biol. 10, 737 (2014).

Gudmundsson, S. & amp Thiele, I. Изчислително ефективен анализ на променливостта на потока. BMC Биоинформатика 11, 489 (2010).

Haraldsdóttir, H. S., Cousins, B., Thiele, I., Fleming, R. M. T. & amp Vempala, S. CHRR: координиран удар и стартиране със закръгляване за еднакво вземане на проби от модели, базирани на ограничения. Биоинформатика 33, 1741–1743 (2017).

Cousins, B. & Vempala, S. Gaussian охлаждане и алгоритми за обем и гаусов обем. SIAM J. Компютър. 47, 1237–1273 (2018).

Cousins, B. & Vempala, S. Практичен алгоритъм за обем. математика. Прог. Комп. 8, 1–28 (2015).

Burgard, A. P., Pharkya, P. & amp Maranas, C. D. Optknock: двустепенна програмна рамка за идентифициране на стратегии за нокаут на гени за оптимизиране на микробния щам. Биотехнология. Bioeng. 84, 647–657 (2003).

Patil, K. R., Rocha, I., Förster, J. & amp Nielsen, J. Еволюционно програмиране като платформа за in silico метаболитно инженерство. BMC Биоинформатика 6, 308 (2005).

Lun, D.S. et al. Мащабна идентификация на стратегии за генетичен дизайн с помощта на локално търсене. Mol. Syst. Biol. 5, 296 (2009).

Ranganathan, S., Suthers, P. F. & amp Maranas, C. D. OptForce: оптимизационна процедура за идентифициране на всички генетични манипулации, водещи до целенасочено свръхпроизводство. PLoS компютър. Biol. 6, e1000744 (2010).

Antoniewicz, M.R. et al. Анализ на метаболитния поток в нестационарна система: подхранвана периодична ферментация на високодобивен щам на Е. coli получаване на 1,3-пропандиол. Metab. инж. 9, 277–292 (2007).

Haraldsdóttir, H.S., Thiele, I. & Fleming, R.M.T. Сравнителна оценка на софтуер с отворен код за картографиране между идентификатори на метаболити при реконструкции на метаболитна мрежа: приложение към Recon 2. J. Cheminform. 6, 2 (2014).

Preciat Gonzalez, G.A. et al. Сравнителна оценка на алгоритмите за картографиране на атоми за балансирани метаболитни реакции: приложение към Recon 3D. J. Cheminform. 9, 39 (2017).

Kim, S. et al. Бази данни за вещества и съединения на PubChem. Нуклеинови киселини Res. 44, D1202–D1213 (2016).

Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: Енциклопедия на гените и геномите от Киото. Нуклеинови киселини Res. 28, 27–30 (2000).

Hastings, J. et al. Референтната база данни и онтология на ChEBI за биологично релевантна химия: подобрения за 2013 г. Нуклеинови киселини Res. 41, D456–D463 (2013).

Sud, М. и сътр. LMSD: LIPID MAPS структурна база данни. Нуклеинови киселини Res. 35, D527–D532 (2007).

Forster, M., Pick, A., Raitner, M., Schreiber, F. & Brandenburg, F. J. Системната архитектура на системата BioPath. В Silico Biol. 2, 415–426 (2002).

Williams, A. J., Tkachenko, V., Golotvin, S., Kidd, R. & McCann, G. ChemSpider—изграждане на основа за семантичната мрежа чрез хостване на платформа за база данни от тълпа източници за химия. J. Cheminform. 2, O16 (2010).

Wishart, D.S. et al. HMDB: базата данни за човешкия метаболом. Нуклеинови киселини Res. 35, D521–D526 (2007).

Rahman, S.A. et al. Инструмент за декодиране на реакции (RDT): извличане на характеристики от химични реакции. Биоинформатика 32, 2065–2066 (2016).

Kumar, A. & amp Maranas, C. D. CLCA: максимално често срещани заявки за молекулярна субструктура в базата данни MetRxn. J. Chem. инф. Модел. 54, 3417–3438 (2014).

Shimizu, Y., Hattori, M., Goto, S. & Kanehisa, M. Обобщени реакционни модели за прогнозиране на неизвестни ензимни реакции. Геном Информ. 20, 149–158 (2008).

Haraldsdóttir, H.S. & Fleming, R.M.T. Идентифициране на запазени части в метаболитни мрежи чрез теоретичен анализ на графиките на мрежите за преход на атоми. PLoS компютър. Biol. 12, e1004999 (2016).

Klamt, S., Haus, U.-U. & Theis, F. Хиперграфи и клетъчни мрежи. PLoS компютър. Biol. 5, e1000385 (2009).

Fleming, R. M. T. & amp Thiele, I. von Bertalanffy 1.0: разширение на COBRA инструментариум за термодинамично ограничаване на метаболитни модели. Биоинформатика 27, 142–143 (2011).

Fleming, R. M. T., Thiele, I. & Nasheuer, H. P. Количествено определяне на насочеността на реакцията в модели на метаболизма, базирани на ограничения: приложение към Ешерихия коли. Биофиз. Chem. 145, 47–56 (2009).

Haraldsdóttir, H.S., Thiele, I. & Fleming, R.M.T. Количествено определяне на насочеността на реакцията в многокомпонентна човешка метаболитна реконструкция. Биофиз. Дж. 102, 1703–1711 (2012).

Noor, E., Haraldsdóttir, H.S., Milo, R. & Fleming, R.M.T. Последователна оценка на енергията на Гибс с помощта на компонентни приноси. PLoS компютър. Biol. 9, e1003098 (2013).

Fleming, R. M. T., Maes, C. M., Saunders, M. A., Ye, Y. & Palsson, B. Ø. Вариационен принцип за изчисляване на неравновесни потоци и потенциали в биохимични мрежи в геномен мащаб. J. Theor. Biol. 292, 71–77 (2012).

Брада, Д. А., Лианг, С.-Д. & Qian, H. Енергиен баланс за анализ на сложни метаболитни мрежи. Биофиз. Дж. 83, 79–86 (2002).

Qian, H. & Beard, D.A. Термодинамика на стехиометрични биохимични мрежи в живи системи, далеч от равновесие. Биофиз. Chem. 114, 213–220 (2005).

Fleming, R.M.T., Thiele, I., Provan, G. & Nasheuer, H.P. Интегрирано стехиометрично, термодинамично и кинетично моделиране на метаболизъм в стационарно състояние. J. Theor. Biol. 264, 683–692 (2010).

Шеленбергер, Дж., Луис, Н. Е. и Палсон, Б. Ø. Елиминиране на термодинамично неосъществими бримки в стационарни метаболитни модели. Биофиз. Дж. 100, 544–553 (2011).

Soh, K.C. & amp Hatzimanikatis, V. Мрежова термодинамика в постгеномната ера. Curr. Opin. Microbiol. 13, 350–357 (2010).

Fleming, R.M.T., Vlassis, N., Thiele, I. & Saunders, M.A. Условия за дуалност между потоци и концентрации в биохимични мрежи. J. Theor. Biol. 409, 1–10 (2016).

​Aragón Artacho, F.J., Fleming, R.M.T. & Vuong, P.T. Ускоряване на DC алгоритъма за гладки функции. математика. Програма. 169, 95–118 (2018).

Артачо, F. J. A. & amp Fleming, R. M. T. Глобално конвергентни алгоритми за намиране на нули на двумонотонни преобразувания. Оптим. Lett. 9, 1–16 (2014).

Ahookhosh, M., Aragón, F. J., Fleming, R. M. T. & amp Vuong, P. T. Локална конвергенция на методите на Левенберг-Марквард при метрична подправилност на Hölder. Предварителен печат на https://arxiv.org/abs/1703.07461 (2017).

Shannon, P. et al. Cytoscape: софтуерна среда за интегрирани модели на мрежи за биомолекулно взаимодействие. Геном Res. 13, 2498–2504 (2003).

King, Z.A. et al. Escher: уеб приложение за изграждане, споделяне и вграждане на богати на данни визуализации на биологични пътища. PLoS компютър. Biol. 11, e1004321 (2015).

Kuperstein, I. et al. NaviCell: уеб-базирана среда за навигация, управление и поддръжка на големи молекулярни карти за взаимодействие. BMC Syst. Biol. 7, 100 (2013).

Kostromins, A. & Stalidzans, E. Paint4net: разширение COBRA Toolbox за визуализиране на стехиометрични модели на метаболизма. Биосистеми 109, 233–239 (2012).

Aurich, M.K. et al.Прогнозиране на вътреклетъчни метаболитни състояния от извънклетъчни метаболомни данни. Метаболомика 11, 603–619 (2014).

Guebila, M. B. & amp Thiele, I. Оптимизиране на диетата на базата на модел за пациенти с болест на Паркинсон в късен стадий, лекувани с леводопа. npj Syst. Biol. Прилож. 2, 16013 (2016).

Sun, Y., Fleming, R.M.T., Thiele, I. & Saunders, M.A. Анализ на стабилен баланс на потока на многомащабни биохимични реакционни мрежи. BMC Биоинформатика 14, 240 (2013).

Lewis, N.E. et al. Omic данни от еволюира Е. coli са в съответствие с изчисления оптимален растеж от модели в мащаб на генома. Mol. Syst. Biol. 6, 390 (2010).

Thiele, I., Fleming, R. M. T., Bordbar, A., Schellenberger, J. & Palsson, B. Ø. Функционална характеристика на алтернативни оптимални решения на Ешерихия колитранскрипционните и транслационните машини. Биофиз. Дж. 98, 2072–2081 (2010).

Ballerstein, K., von Kamp, A., Klamt, S. & Haus, U.-U. Наборите с минимално изрязване в метаболитна мрежа са елементарни режими в двойна мрежа. Биоинформатика 28, 381–387 (2012).

von Kamp, A. & Klamt, S. Изброяване на най-малките стратегии за интервенция в метаболитни мрежи в мащаб на генома. PLoS компютър. Biol. 10, e1003378 (2014).

Fujita, K.A. et al. Интегриране на пътищата на болестта на Паркинсон в карта на молекулярно взаимодействие. Mol. Neurobiol. 49, 88–102 (2014).

Agren, R. et al. RAVEN Toolbox и използването му за генериране на метаболитен модел в мащаб на генома за Penicillium chrysogenum. PLoS компютър. Biol. 9, e1002980 (2013).

Grafahrend-Belau, E., Klukas, C., Junker, B.H. & Schreiber, F. FBA-SimVis: интерактивна визуализация на метаболитни модели, базирани на ограничения. Биоинформатика 25, 2755–2757 (2009).

Rocha, I. et al. OptFlux: софтуерна платформа с отворен код за in silico метаболитно инженерство. BMC Syst. Biol. 4, 45 (2010).

Poolman, M. G. ScrumPy: метаболитно моделиране с Python. Syst. Biol. 153, 375–378 (2006).

Hoppe, A., Hoffmann, S., Gerasch, A., Gille, C. & Holzhütter, H.-G. FASIMU: гъвкав софтуер за изчислителни серии на потока в големи метаболитни мрежи. BMC Биоинформатика 12, 28 (2011).

Boele, J., Olivier, B.G. & Teusink, B. FAME, средата за анализ и моделиране на потока. BMC Syst. Biol. 6, 8 (2012).


Завършен тест

Тъй като някои от положителните резултати от потвърждаващия тест може да са фалшиви, е желателно да се направят завършени тестове. За този инокулум от всяка положителна епруветка на потвърждаващия тест се нанася ивици върху плоча с EMB или Endo агар.

В този процес, една бримка от проба от всяка положителна BGLB епруветка се нанася на ивици върху селективна среда като Еозин метиленово синьо агар или средата на Ендо. Всяка плака се инкубира при 37°С, а друга при 44,5±0,2°С за 24 часа.


Гледай видеото: Биобанкиране - НУКБПИ и BBMRI-BG (Може 2022).