Информация

В проучванията за вирусно разнообразие на морската ДНК, към какво би се отнасяла „парадигмата на разпространения мозаицизъм“?

В проучванията за вирусно разнообразие на морската ДНК, към какво би се отнасяла „парадигмата на разпространения мозаицизъм“?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Скорошната статия в Cell Marine DNA Viral Macro- and Microdiversity from Pole to Pole описва (огромния) нов набор от данни Global Ocean Viromes 2.0 (GOV 2.0).

В Резултати и дискусия раздел, подраздел Утвърждаване на границите на вирусната „популация“. започва с абзаца:

Определянето на видовете е противоречиво за еукариотите и прокариотите (Kunz, 2013, Cohan, 2002, Fraser et al., 2009) и още повече за вирусите (Bobay and Ochman, 2018), до голяма степен поради парадигмата на ширещия се мозаицизъм, произтичащ от бързо развиващите се ssDNA и RNA вируси, чиито еволюционни скорости са много по-високи от dsDNA вирусите (за преглед вижте Duffy et al., 2008). Концепцията за биологични видове, често наричана златен стандарт за определяне на видовете, определя видовете като кръстосващи се индивиди, които остават репродуктивно изолирани от други такива групи. За да се адаптира това към прокариотите и вирусите, проучванията са изследвали модели на генен поток, за да определят дали те могат да поддържат отделни линии, както репродуктивната изолация прави при еукариотите. Всъщност, потокът от гени и селекцията дефинират ясни граници между групи бактерии, археи и вируси, въпреки че необходимата скала от данни е достъпна само за цианофагите и микофагите сред вирусите (Shapiro et al., 2012, Cadillo-Quiroz et al., 2012 , Gregory et al., 2016, Bobay and Ochman, 2018).


Знам какво означава „безумно“ в разговорния смисъл, а разговорната форма на „парадигма“ също е позната. Мозаицизмът обикновено се отнася до генетични различия между групи клетки в индивидуален многоклетъчен организъм. Не съм сигурен как се отнася за вирусните популации.

Възможно ли е да се обясни значението на „парадигмата на разпространения мозаицизъм“ в този конкретен контекст и да му се даде някакъв фон?


Както разбирам от прегледа на книгата Cell и тази от Bobay and Ochman, 2018, която цитира, притеснението е валидността на установения метод за дефиниране на вирусни видове. Цитат от този последен документ:

Членовете на биологичния вид се определят от способността им да обменят генетичен материал...

Проблемът изглежда е, че ssDNA и РНК вирусите се развиват бързо (развихрен вероятно има за цел да предаде тази идея), но най-важното е, не само чрез придобиване на точкови мутации или делеции, а чрез хоризонтален трансфер на ген от други вируси (и от бактерии).

Крайният резултат от това е, че такива вируси са съставен от сегменти от различни източници, някои са еволюирали чрез конвенционална мутация, а други са „отвлечени на едро“ (моята собствена хипербола) от други организми. Друг начин да се каже това е, че техният геном е a мозайка на гени от различни организми. Пример за това е в диаграмата по-долу, взета от статия на Джухала et al. озаглавен „Геномни последователности на бактериофаги HK97 и HK022: Разпространен генетичен мозаицизъм в ламбдоидни бактериофаги“.

За всеки, който не е запознат с думата „мозайка“ (или нейната приложимост по отношение на геномите) възпроизвеждам по-долу римска мозайка от Помпей. Идеята е, че това, което изглежда като интегриран организъм, е съставено от различни части с различни граници.

(Главните герои в мозайката са на път да си разменят удари, а не гени. В Помпей също има мозайки, изобразяващи последния тип размяна, но те са малко прекалено „развиващи се“, за да бъдат представени тук.)

Последиците от „мозаицизма“ за дефинирането на вирусни видове са – предполагам – че вирусите, които биха могли да се разглеждат като различни видове от изследването на последователностите на повечето от техните гени, все още могат да обменят генетичен материал чрез кръстосване на гените, които имат. придобит чрез хоризонтален трансфер.

О, и какво за парадигма? Очевидно би било несправедливо от моя страна да предполагам, че това е фантастична дума, която авторите са използвали, за да звучи важно. Оксфордският речник онлайн го дефинира като:

Типичен пример или модел на нещо; модел или модел.

Мисля, че авторите имат предвид, че вирусите дават добър пример за хоризонтален трансфер на гени.


Не мисля, че това е отговор, но ми беше казано да го напиша като отговор от мод:

това означава "...стандартният модел на неконтролиран, широко разпространен, всеобхватен мозаицизъм..."

Механизмите на мозаицизма вероятно са за друга тема, Wiki заявява, че: Генетичният мозаицизъм може да е резултат от много различни механизми, включително ендорепликация, изоставане в анафаза и неразпадане на хромозомите.